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本研究利用优良栽培番茄品系99165-30与高抗晚疫病不同生理小种的野生多毛番茄LA1777远缘杂交，所获得的F2及其以后世代单粒传得到的F5:6代重组自交系分离群体构建番茄永久饱和的分子遗传图谱，并利用荧光AFLP技术，构建了番茄遗传连锁图谱框架图。同时，针对目前生产中番茄主要病害，利用番茄分子生物学研究的信息和近等基因系，建立了番茄抗番茄根节线虫病基因Mi基因、抗番茄斑萎病毒病基因SW-5基因、抗番茄花叶病毒基因Tm22基因、Tm-1基因、Tm-2基的SCAR标记稳定扩增体系，并在此基础上开发了可以对Mi、Tm22、Sw-5等2个及3个抗病基因同时鉴定筛选的多重PCR体系。主要结果如下： 1．利用银染AFLP方法，从64对E/M的AFLP引物组合中筛选出20对扩增清晰、再现性好的多态性引物；20对引物共扩增出274条多态性条带，平均每对AFLP引物组合扩增出13.7个多态性谱带，其多态性谱带高于目前其他分子标记方法，说明这种方法是一种高效的建图方法。 2．首次利用荧光AFLP方法，对RIL群体中产生分离的274个AFLP标记用JoinMap3.0软件进行分析，得到一张包含125个标记的18个连锁群的遗传图谱，覆盖基因组长度为662cM，标记间平均图距为5.3cM。连锁群长度集中在14～58cM之间，连锁群上的标记数在3～22之间。故此连锁群遗传图谱标记数目高于其他方法。 3．以分别含有五种抗病基因的番茄近等基因系为试材，建立了番茄抗病基因的SCAR-CAPS优化体系，即：50ng模板DNA、2.5μl 10×PCR buffer、200μM dNTPs、1．5UTaq DNA聚合酶、1.5-2.5mM Mg2+，每个引物的浓度为0.2μM，最终体积为25μl。 4．利用上述番茄抗病基因的SCAR-CAPS优化体系，以含五种抗病基因的番茄近等基因系为试材，并利用所设计的5种SCAR正反引物进行扩增，结果表明： ①SCAR1正反引物进行扩增，无论是抗根结线虫材料还是感病材料均只扩增出750bp的特异性片段；经TaqⅠ酶切后，抗根结线虫纯合基因型及杂合基因型材料均存在酶切位点，其中纯合基因型Motelle和Mogeor抗病材料分别产生了570bp和180bp大小的特异性片段，而感病纯合基因型Moneymaker、Movione、Mobaci、Moperou、Mospomor不可以被TaqⅠ切开，仍然呈现原来的750bp的片段。说明利用本引物可用于番茄Mi抗病基因辅助选育。 ②SCAR2正反引物进行扩增试材，只有抗斑萎病材料显性片段为400bp，即抗斑萎病基因型材料产生了400bp的特异产物，感病材料均无PCR产物。且PCR产物无TaqⅠ酶切、HindⅢ酶位点。可用于番茄Sw-5抗病基因辅助选育。 ③SCAR3正反引物扩增试材，无论是抗病材料还是感病材料均都扩增出950bp的特异性片段，经HindⅢ酶切后，纯合感病基因型材料存在酶切位点，其中纯合感病基因型Moneymaker、Motelle、Movione、Mobaci、Moperou、产生了500bp和450bp大小的