作为牛奶中蛋白质的重要组成部分乳脂肪球膜蛋白质具有多种重要的生理功能,由于其来源于乳腺上皮细胞膜及内质网,对其研究不仅是对转基因克隆牛奶蛋白质安全性评估的重要组成,而且可以从侧面反映产奶牛本身乳腺的健康状况。围绕不同奶牛品种或品系(包括美国荷斯坦牛、中国荷斯坦牛、娟珊牛及水牛)乳品性状的差异,建立牛乳清蛋白差异表达谱、乳脂肪球膜差异蛋白质表达谱,挖掘与乳品质改良相关的功能性蛋白,揭示不同奶牛品种乳蛋白质合成、分泌信号传导通路的差异,为牛奶品质的改良提供素材,同时通过牛奶蛋白质组技术平台和牛奶蛋白质数据库的建立,进行转基因牛奶蛋白质表达差异的食品安全研究。在本论文中,我们分别对在乳腺中特异表达人溶菌酶(TC-LZ)、人α-乳清蛋白(TC-LA)和人乳铁蛋白(TC-LF)的三个转基因克隆牛品系共17头健康的转基因克隆牛、3头健康的克隆牛和9头健康的普通对照牛的初乳和常乳的乳脂肪球膜蛋白质进行了全面系统的分析。利用液质联用对各组中初乳和常乳乳脂肪球膜蛋白质表达谱进行了鉴定和分析。我们在五组样品中共鉴定到蛋白质1225种,在TC-LA组中有166种特异表达的蛋白质,在TC-LF组中有265种特异表达的蛋白质,在TC-LZ组中有184种特异表达的蛋白质,结果表明在转基因克隆组中共有43种特异表达的蛋白。我们根据GO的功能注释对其进行功能分类。利用双向电泳(2-D)结合MALDI TOF/TOI质谱的定量蛋白质组的方法进一步对各组的乳脂肪球膜蛋白质进行鉴定分析。在TC-LZ、TC-LA、TC-LI转基因克隆的三组中共有33个差异表达的蛋白点。其后我们利用iTRAQ技术对五组不同样品间蛋白质表达量进行分析。在初乳乳脂肪球膜蛋白质中共有459种蛋白质具有定量信息,在常乳中共有426种蛋白质具有定量信息。我们以普通牛乳脂肪球膜蛋白质表达量为参照,对比三组转基因克隆牛及一组克隆牛蛋白质表达量,筛选表达量差异显著蛋白质。在TC-LA组中,初乳乳脂肪球膜蛋白质共有126种,常乳中共有77种表达量产生了明显差异；在TC-LF组中,初乳157种,常乳有222种表达量产生了明显差异;在TC-LZ组中,初乳有49种,常乳有98种表达量产生了明显差异；在克隆组中,初乳有98种,常乳中有132种表达量产生了明显差异。在其后分别利用聚类分析和主成分分析中对差异蛋白点进行分析,两种分析方法的分析结果均表明由转基因克隆因素所引起乳脂肪球膜蛋白成分的变异度在普通对照组与克隆对照组变异范围之内。对在乳腺中特异表达人溶菌酶、人α-乳清蛋白和人乳铁蛋白的三个转基因克隆牛品系初乳和常乳的蛋白质及营养组成的研究表明,所引起乳蛋白成分改变在普通对照组组内的自然变异范围之内。在四种牛奶初乳和常乳的乳清及乳脂肪球膜蛋白质中,利用高效液相色谱和质谱联用的方法,鉴定出1148种蛋白质；将娟珊牛与水牛中表达的全部蛋白质分别与荷斯坦牛进行比较,在水牛中特异表达的蛋白质有132种,在娟珊牛中特异表达的蛋白质有131种。对这些特异表达的蛋白质结合四种牛泌乳特性和牛奶的特性进行分析,发现了大量与乳脂肪合成分泌相关的蛋白质。通过对差异表达蛋白的鉴定与功能分析我们找到了多个与脂代谢与炎症反应及其它疾病相关的蛋白,这些蛋白可以作为候选基因转入牛奶中,提高牛奶品质或增强奶牛抗病性,从而能够形成高品质牛奶生产种群。