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改革开放以来，制造业已经成为我国经济持续快速发展的主要拉动力量，在国际制造业中的份额日益提高，中国已成为继日、德、美之后世界第四制造业大国。但是我国制造业经过多年的高速发展，高消耗、高污染、低附加值的产业比重偏高，技术和知识密集的高附加值的产业比重偏低，地区产业结构的趋同化、过度竞争以及生产与市场集中程度的高度不稳定性等矛盾和弊端日益暴露出来。作为国家主要的调控工具之一，税收政策在促进我国制造业发展中发挥越来越重要的作用。
为了加快中国制造业产业升级的步伐，我国先后出台了一系列的税收扶持政策，利用税收杠杆来调整经济运行。如增值税的转型旨在促进工业投资，企业所得税两税合并则在公平内外资企业税负的基础上体现了我国利用税收手段规范和引导企业行为的深层次目标，出口退税政策的制定正在向着调整产业结构的方向进行，消费税税目税率的调整也体现了利用税收调节个人消费行为的政策意图，而部分环境税，诸如矿产品资源税额标准和征收比例的调高则是我国建设节约型社会目标的具体实现方式之一。这些情况表明，新一轮的税制改革已经发生了本质上的变化，以往以增加税收收入为主要目的税制改革正在向着以税收调控产业为主要目标的方向转变，税收的政策效应越来越明显。现行税收制度下，税收政策对制造业相关主体的投资、就业和创新等行为有什么样的影响，影响程度有多大，这些成为了关系到制造业能否加快转型升级的重要问题。因此，如何客观地评价我国的制造业税收政策对制造业发展的效应成为本文研究的主要内容。
本文首先总结归纳了经济学中重商主义、重农主义、凯恩斯学派、古典学派、供给学派和货币学派各种有关税收效应的理论，将中国制造业产业发展理论和税收理论进行有机结合，选择与制造业发展紧密相关的增值税、所得税、资源环境税收以及出口退税等政策，在深入分析我国制造业税收政策现状和特点的基础上，利用实证分析并结合可计算一般均衡模型评价和模拟我国制造业税收政策在不同情况下所产生的政策效应，进一步借鉴了世界各国制造业发展历史中税收政策的制定和实施经验，提出了优化和完善我国税收政策的总体框架、原则和具体措施。本研究为制订有利于我国制造业长期、健康、持续、快速发展的税收政策体系提供理论基础，通过完善我国制造业税收政策体系进一步优化我国制造业的产业结构，促进制造业的长远发展。主要研究内容和研究结论如下：
(1)增值税的政策效应分析。我们依据面板数据模型进行计量回归，发现增值税税负的变化对制造业行业的劳动力投入以及技术创新的发展都有显著的影响。增值税负的减少有利于促进制造业劳动力的就业，同时扩大投资并促进技术创新水平的提高。我们进一步结合CGE模型进行了模拟，将资本投入的变化设置为增值税税收政策的变化所致，考察了改变企业资本投入状况后制造业一般均衡的变化情况，从而分析不同税收政策对制造业劳动力投入、投资及技术创新的影响。结果证实了前面的实证研究，增值税收政策确实与制造业的劳动力投入、资本投入以及技术创新水平密切相关。
(2)所得税对制造业效应的分析。我们利用各省市的制造业数据，通过面板模型分析可知地区制造业企业所得税税收与企业固定资产投资呈现负向关系，随着税收的提高，投资的规模将会下降。制造业企业所得税收对制造业劳动力的影响存在一个倒“U”结构。我们进一步通过税收CGE模型对我国制造业做政策效应分析。均衡结果表明对所在行业的所得税税收征收比例的提高，会造成本行业的劳动力投入、资本投入以及产出的减少。
(3)我们对环境税内涵、特征以及作用机理做了系统分析，并对我国制造业相关的环境税收制度现状进行了梳理及评价，最后分别以碳税和资源税，利用CGE模型做了制造业环境税的政策分析。通过研究发现，无论是碳税还是资源税，税收的增加会提高资源类产品的价格，这将引起那些能源依赖较大的传统制造业的产出、资本投资以及劳动力的供给的下降。即环境税的征收减少了对能源消费有较高依赖的传统制造业中劳动力和资本的投入，进而减少了传统制造业的产出。同时，环境税的征收增加了对能源依赖较小的高技术制造业中劳动力和资本的投入，从而增加了高技术制造业部门的产出。
(4)我们通过面板数据模型分析发现地区出口退税对制造业劳动力以及企业资产投资的影响是显著的，随着地区出口退税在一定程度上的增加有利于缓解就业压力，促进企业的固定资产投资。但同时出口退税又是一种出口激励政策，出口退税率过多，在一定程度上将导致地区政府财政支出的减少，公共投资下降，从而不利于就业增长，也对企业的资产投资带来抑制作用。我们进一步用CGE均衡分析对制造业出口退税的政策效应做模拟分析，结果显示，出口退税政策作为制造业产业结构调整的税收诱因产生了重要的政策效应。
(5)在上述实证研究及CGE模型模拟分析的基础上，进一步对世界主要国家制造业的税收政策效应作了深入分析，在有关税收制度设计、税收优惠安排等方面进行了剖析。结合我国制造业税收政策效应的演进路径，进一步对国内外制造业税收政策作了特点比较分析，最后提出优化税收结构促进制造业发展的系列措施。
本文研究的突破和创新主要表现在：从产业政策的角度研究我国税收政策对制造业的影响，并采用CGE模型等方法对我国促进制造业转型升级税收产业政策的效应进行系统模拟分析，指出现行税收政策存在互相制约的问题，不利于充分发挥税收政策的系统效应。本文提出我国税收政策应与市场经济体制相适应，把产业导向作为税收政策制订原则，充分发挥税收政策引导产业发展的功能。并且从对制造业转型升级具有重要影响的就业、技术创新、环境、自然资源、出口等方面的税收政策效应做了系统的分析，总结了现行政策存在的问题，计算了税收政策对相关方面的影响因子。