税种收入结构是税制结构的核心，税种收入之间的比例关系直接反应出一国税收制度的结构和功能。目前，我国税收收入过度依赖流转税，严重扭曲资源配置，税收的宏观调控功能低下。针对我国税种收入过度依赖流转税的现状，本文从税收制度、财政收支矛盾、经济体制和经济发展水平等方面分析其成因，指出税种收入结构严重失衡的弊端，并从国际国内两方面分析我国改变税种结构失衡现状的必要性。在分析成因、指出弊端和改革必要性后，本文通过对税制演变的规律总结和发达国家所得税上升为主体税种的过程考察，提出优化我国税种收入结构的方向是建立双主体税种结构，总体思路是在稳定流转税收入的情况下，增加所得税的规模及在税收收入中的比重，以动态的方式改善商品流转税和所得税的相对比例，改变我国税种收入结构失衡、税制功能扭曲的现状，构建一个流转税和所得税结构协调、功能互补的双主体税种结构。 本文力求在以下几个方面有所创新：(1)认为我国税种收入过度依赖流转税的主要原因是制度创新力度不够；(2)认为制度创新是推动发达国家所得税从弱到强的主要原因，提出我国税种结构优化需要在制度上大胆创新；(3)提出根据各个税种的特性，流转税和所得税的主要功能应有所分工；(4)流转税和所得税的改革应双管齐下，以渐进的方式改革流转税，以突变的方式改革所得税，分工协作，优势互补；(5)提出税收的主要功能是筹集收入，税收在征收环节在促进结果公平方面效果甚微，税收在支出环节更能有效促进结果公平。