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本试验提取禽呼肠孤病毒内蒙古、天津地区分离株(B-98、C-98、G-98、T-98株)病毒总RNA。参考GenBank中禽呼肠孤病毒S3、S4基因序列设计2对引物。应用RT-PCR技术特异性地扩增病毒的S3、S4基因。将纯化的目的DNA与PMD19-T载体连接,转化到DH5α感受态细胞中,应用蓝白斑法筛选阳性重组质粒,然后用PCR法鉴定重组质粒,将鉴定的阳性重组菌送生物工程公司测定S3、S4基因序列,应用计算机软件将测定序列与参考序列进行比较。结果表明测定的S3基因节段长1202bp,均包含完整的开放性阅读框(Open Reading Frame,ORF),位于31～1134 bp;S4基因节段长1109bp,包含完整的开放性阅读框(ORF),位于2～1105 bp。禽呼肠孤病毒B-98、C-98、G-98和T-98的S3基因序列已成功登录GenBank,登录号分别为EF030498、EF030496、EF030497、EF030499。四个分离株的S3基因与禽呼肠孤病毒S1133、176和鸡源番鸭呼肠孤病毒YJL的同源性很高在99.2%～100%之间;与禽呼肠孤病毒138的同源性较高在87.0%～87.3%之间;与番鸭呼肠孤病毒S14和89026的同源性较低在60.0%～64.1%之间;与哺乳动物呼肠孤病毒3和纳尔逊海湾病毒的同源性很低分别为3.8%和19.2%。四个分离株的S4基因与禽呼肠孤病毒S1133、176和鸡源番鸭呼肠孤病毒YJL的同源性很高在98.8%～99.6%之间;与禽呼肠孤病毒138和番鸭呼肠孤病毒S14和89026的同源性较高在76.4%～81.2%之间;与哺乳动物呼肠孤病毒3和纳尔逊海湾病毒的同源性很低分别为6.5%～6.6%和53.9%～56.2%。S3和S4基因系统发生树分析表明,均与禽呼肠孤病毒S1133、176和鸡源番鸭呼肠孤病毒YJL的遗传进化关系最近,分属同一进化分支。天津、内蒙古分离株的σB蛋白和σNS蛋白结构分析表明,它们均为亲水蛋白,等电点在6.27～7.10之间。天津、内蒙古分离株σB蛋白和σNS蛋白抗原位点与禽呼肠孤病毒S1133、176和鸡源番鸭呼肠孤病毒YJL相同。综上所述,禽呼肠孤病毒内蒙古、天津地区分离株S3和S4基因的抗原位点分析结果与同源性、系统发生树结果相互一致,与禽呼肠孤病毒S1133、176和鸡源番鸭呼肠孤病毒YJL的同源性最高,分属同一进化分支,且抗原位点相同。