异种体细胞核移植(inter-specific somatic cell nuclear transfer,iSCNT)胚胎易出现发育阻滞现象,线粒体功能异常可能是导致iSCNT合子基因组激活(Zygotic genome activation,ZGA)失败的重要原因。本研究对8-cell期牛-牛同种与羊-牛异种克隆胚胎RNA-Seq测序分析发现,在异种克隆胚胎中,与线粒体功能相关基因表达出现异常,如线粒体融合基因Mfn1和Mfn2、线粒体核糖体大亚基基因Mrpl48、线粒体外膜基因Tomm40、线粒体内膜基因Timm22和Timm23,以及线粒体促凋亡基因Caspase-2等。RT-qPCR结果显示,Mfn1、Mfn2、Timm22、Timm23、Tomm40和Mrpl48在异种克隆胚胎的表达量显著低于同种克隆胚胎,Caspase-2表达量显著高于同种克隆胚胎。同种克隆胚胎中的Tomm40、Timm22、Timm23和Mrpl48的表达量分别是异种克隆胚胎的15.38、11.01、9.38和2.61倍。蛋白免疫荧光分析发现,钠/钾离子转运蛋白ATP1B3、线粒体融合蛋白MFN1和MFN2在异种克隆胚胎的表达量显著低于同种克隆胚胎,线粒体核糖体大亚基蛋白MRPL48和线粒体外膜蛋白TOMM40没有显著差异。上述结果表明,线粒体功能异常可能是导致iSCNT胚胎在ZGA过程中发生发育阻滞的重要原因之一,线粒体融合基因Mfn1和Mfn2的异常表达,可能导致异种克隆胚胎发育阻滞。