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凤丹（Paeonia suffruticosa Andr.）为芍药科多年生植物，是一种重要的传统中药资源。在其生长发育的周期中与土壤微生物尤其是根际土壤微生物有密切的关系。本文通过构建16S rRNA基因克隆文库及文库的限制性片段长度多态性分析（ARDRA)，对中国药用植物凤丹（P. suffruticosa）5大主要分布区域的根际土壤细菌群落多样性进行了研究。采用限制性内切酶HinfI和Csp6I对克隆文库中的1000个克隆子进行了酶切分型，根据酶切图谱的不同，可将其分为324个OTUs，并挑选相应的代表克隆子进行了测序和系统发育分析。16S rRNA基因序列分析结果表明，凤丹主要产区根际土壤细菌种群主要包括α-,β-,γ-和δ-Proteobacteria，Acidobacteria，Actinobacteria，Bacteroidetes，Verrucomicrobia，Gemmatimonadetes，Chloroflexi，TM7，Nitrospirae，Firmicutes和Planctomycetes的14个类群，此外还有部分未归类细菌。其中Proteobacteria(α,γ,βandδ)为优势菌群，其次是Acidobacteria和 Actinobacteria。Pseudomonas sp.、Burkholderia sp.和Arthrobacter sp.为优势菌属。通过PCR-DGGE法对丫山不同生长年限、不同生长时期凤丹根际土壤细菌群落结构变化规律进行研究，结果表明种植凤丹的根际土壤细菌群落多样性低于荒地，随着种植年限的增长，细菌群落组成趋于稳定；丫山凤丹根际土壤环境因子越相似，根际细菌群落结构也越相似。 通过对凤丹主要产区根际土壤和丫山不同生长年限、不同生长时期凤丹根际土壤细菌群落特征的研究，结果表明凤丹根际土壤细菌种群不仅具有丰富的多样性,还存在丰富的潜在新菌种，凤丹根际土壤细菌群落组成间没有明显的差异性。