本文对海南岛及其邻近大陆的20个样点、共1222群中华蜜蜂样本进行31个形态遗传标记、10个微卫星DNA位点以及线粒体tRNAlue-COII序列的遗传标记的分析,旨在研究海南岛及广东、广西的中华蜜蜂的形态特征和遗传多样性分布格局,探讨海南岛及邻近大陆中蜂的遗传分化、迁入岛外中蜂对岛内本土中蜂的遗传多样性和遗传结构影响。结果表明海南岛中华蜜蜂同邻近的大陆中蜂发生了明显的遗传分化。海南琼中地区近期引入的广东来源的中蜂仍然保持了岛外形态特征和遗传结构,与岛内本土中蜂存在遗传分化；海南岛文昌和屯昌中蜂同其他分部区的种群发生了中度的遗传分化。岛外中蜂的引入会改变岛内本土中蜂的遗传多样性和遗传结构。（1）海南岛中蜂和大陆中蜂遗传分化琼州海峡的隔离条件下,海南岛中蜂与大陆中蜂在形态特征和微卫星DNA微卫星遗传结构和mtDNA单倍型遗传结构上均发生明显的遗传分化。广东中华蜜蜂的个体大小、器官大小和翅脉角K19等指标最大,广西其次,海南最小。海南中蜂同大陆中蜂的微卫星DNA位点的遗传分化系数Fst为0.052-0.178,达到中度或强的遗传分化。海南中蜂单倍型种类独特,主要单倍型为Hap₁、Hap₄、Hap₅和Hap₆,大陆主要单倍型为Hap₂和Hap₃。（2）海南岛中蜂和大陆中蜂遗传多样性广东、广西的中蜂遗传多样性高于海南岛中蜂遗传多样性,广东迁入到琼中的中蜂保留大陆中蜂遗传多样性较高特点。海南北部儋州、文昌、屯昌和琼中等样点保持较高遗传多样性,昌江、海南保亭和海南三亚等样点遗传多样性中等,而澄迈、乐东和万宁等样点遗传多样性较低。（3）海南岛内遗传分化海南岛内文昌、屯昌种群发生中等程度的分化,其他9样点之间遗传分化较弱。文昌、屯昌样点分别同海南岛内其他9个样点的微卫星遗传结构的遗传分化系数Fst（0.06-0.12）大于海南岛9个种群间的Fst（0-0.05）。文昌中蜂具有较小个体大小、器官大小等形态指标；具有独特的tRNAlue-COII单倍型种类Hap₄、Hap₆、Hap₇、Hap₁8和Hap₂5。文昌中华蜜蜂可能是海滨椰林生境下形成一个独特的种群。（4）人类活动影响中蜂种群遗传多样性和遗传结构岛外中蜂人为迁入后增加了海南岛内本土中蜂的遗传多样性。岛外中蜂迁入较多的地区表现较高的遗传多样性,海南岛的屯昌、琼中、昌江和保亭等样点检测到不同比例大陆型线粒体Hap₂单倍型。不合理的饲养技术会低种群遗传多样性,选取少量的母群进行大规模移虫育王使得蜜蜂种群线粒体DNA单倍型多样性降低,遗传结构变化加速。本研究对全面理解海南中蜂遗传多样性和遗传结构分布格局提供了大量基础数据,进一步证实琼州海峡的隔离对海南岛中蜂遗传分化作用。丰富蜜蜂种群遗传学理论体系,又为海南中华蜜蜂资源的保护和利用提供部分基础资料。