中国农村基层治理问题是学术界关注的重要问题,一种正式制度的实施是要有相应的文化作为实施的基础,即非正式制度因素在正式制度实施中的重要作用。非正式制度是否与正式制度相一致,直接关系到正式制度的实施绩效,关系到农村基层治理模式的确立。本文的研究采用了历史归纳与演绎相结合、规范分析与实证分析相结合、定性分析与定量分析相结合、宏观分析与微观分析相结合的方法,系统分析了两大非正式制度,即儒家文化和伊斯兰宗教文化,以及它们与中国农村和新疆农村基层治理之间的关系。本文首先阐述了非正式制度的概念及与正式制度的关系,涉及到非正式制度相关的意识形态、路径依赖等理论,及国内外的非正式制度和中国农村基层治理的研究情况。其次,本文从新制度经济学的视角出发,分析在非正式制度影响下,中国农村和新疆农村基层治理的类型和模式。从历史上看,儒家文化是中国传统文化的主流,在儒家文化影响下,中国农村基层治理表现为儒家文化伦理主导型治理;伊斯兰宗教文化是中华民族文化的重要组成部分,在伊斯兰宗教文化影响下,新疆农村基层治理表现为伊斯兰宗教主导型治理。在儒家文化伦理主导型治理中,宗族治理是基本治理模式;在伊斯兰宗教主导型治理中,羁縻政策是基本治理模式。再次,比较了伦理主导型治理和宗教主导型治理的异同点,得出在市场经济条件下,中国农村基层和新疆农村基层应建立经济理性与法治理性相结合的市场法理型农村基层治理模式。最后,阐述了汲取非正式制度中合理因素的重要性,及科学引导非正式制度与正式制度相适应的必然性,提出合理利用非正式制度的政策与建议,这些建议与措施将会对中国农村基层治理和社会主义和谐新农村建设起到积极作用。