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葫芦科(Cucurbitaceae)是一种具有非常高的经济价值和营养价值的植物家族。葫芦科家族所表现出来的丰富的多种形状,可用作性别表达分析的主要模型。随着DNA分子标记技术的快速发展,以及在葫芦科物种领域中的应用,有关葫芦科物种的遗传、育种、病害和产量的研究课题已经逐步迈向了快速发展的现代分子领域。在葫芦科物种例如黄瓜、西瓜等基因组完成测序的背景下,有关葫芦科物种的组学研究进入了一个高通量信息爆发的时代。为了能够进一步开发有关葫芦科物种的遗传信息,利用生物信息学技术对5个葫芦科物种的6组基因组序列以及4组EST序列进行了微卫星标记的大规模挖掘,并开发出相关的引物和通用引物。我们在葫芦科物种的基因组中共开发出2,590,063个完整的微卫星标记以及174,493对引物。在其EST序列中共开发出663,852个微卫星标记和60,700对引物,同时开发出54对通用引物。葫芦科物种基因组的SSRs密度整体上要高于对照物种。在葫芦科物种的基因组当中,葫芦具有最高的SSRs密度(1723.6 SSRs/Mb),而在EST序列中,黄瓜的SSRs密度最高(1424.1 SSRs/Mb)。在葫芦科所有类型的SSRs中,六聚物重复类型具有最高的比重,其中在基因组中能够占到50.64%,而在EST序列中的比重更高,达到了60.18%。同时发现,在EST序列中,三聚物重复类型的比重有明显的升高。以AT基序为基础的微卫星类型在葫芦科中具有明显的优势。除了三聚物和六聚物重复类型,随着基序碱基数量的增多,基序的数量总体上处于不断减少的趋势,但是在三聚物和六聚物重复类型中则表现出不减反增的状态。葫芦科物种的微卫星序列的GC含量整体偏低(20%左右),EST序列仅比基因组序列的微卫星的GC含量略高一点。最后,构建了一个葫芦科的微卫星数据库,数据库中包括了本研究所开发的所有的微卫星标记及其引物序列,以方便用户的查询和使用。