在21世纪国际化竞争大背景下,技术创新逐渐成为企业生存的基石、产业迸发的动力、国民经济繁荣的支柱,技术创新绩效在衡量企业技术创新能力方面的地位越来越突出,是企业竞争力强弱的重要标志,对高新技术企业经营绩效具有重要推动作用。本文在总结国内外研究成果及阐述资本结构与技术创新绩效相关理论基础上,以电子信息技术、生物医药技术行业的上市公司为研究对象,选取475家上市公司作为研究样本,设计研究变量并提出研究假设,采用偏相关分析、回归分析、分位数回归统计方法实证分析高新技术上市公司资本结构与技术创新绩效的关系,并提出优化资本结构和提高高新技术企业技术创新绩效政策建议。经过实证研究表明:债务总体水平、股权制衡度与技术创新绩效负相关;短期债务与技术创新绩效关系负相关,但分位数回归显示0.5分位点以下两者为正相关关系,而且相关影响程度逐渐增大;研发投入在债务结构与技术创新绩效关系研究中起到明显的中介效应;偏相关分析中高管持股与技术创新绩效显著正相关,然而回归分析却显示两者关系微弱;国有股、法人股、股权集中度与技术创新绩效之间没有明显的关联性。