吕柟乃明中叶几与阳明相抗衡的著名理学家,但近现代以来的哲学史研究与思想史研究却并未对吕柟及其理学思想给予足够的重视,目前大陆尚未见到有关吕柟及其理学思想的研究专著。现有的研究多集中于吕柟理学的师承渊源和个别观点之上,而未能对吕柟及其理学思想进行深入系统的研究,未能把握吕柟理学的思想特质与结构体系。吕柟生逢朱学衰落、王学炽盛的动荡转折之际,面对讲学日盛、异端多出的学术变革风潮,吕柟既没有独守程朱,也没有独宗横渠,更没有笃信陆王。吕柟是非常自觉地站在思想变迁、学术发展的历史潮头,以其和而不同的学术交往及其融会知新的学风宗旨,构筑确立了自己的独具特质的理学思想体系。在本体问题上,吕柟虽是“不为玄虚高远之论”,却也对理学家所谓的天道本原与形上本体有着深切的体认和自觉的追求。吕柟所坚持和主张的既不是程朱的先在之理,也不是张载的太虚之气,更不是陆王的灵明之心,而是极为独特的“理气非二”的阴阳变易之“道体”。这种阴阳变易之“道体”,既是一阴一阳之气、也是一阴一阳之理,气是言阴阳变易之“道体”的实有实存、化生万物,理是言阴阳变易之“道体”的动静有常、至公至仁,阴阳变易之“道体”本身就是“理气非二”的浑然整体。也正是这种“理气非二”的独特本体论主张,才为吕柟的躬行践履工夫及其理学思想奠定了根本的前提和最终的根据,吕柟所特别强调的知先行后、真知力行、格物致知、慎独致曲、甘贫改过、心事合一等等的一系列重要命题,都是建立在“理气非二”的本体论前提之上的,并且也因此而构成了一个贯通为一的理论体系。在人性问题上,吕柟基于“理气非二”的本体论前提,明确地主张“性自气禀”、明确地强调理气不可分,从而坚持认为性皆从气上发出、性只能在气上求,这实际上也就是主张强调“性体”本身也是理气合一的有机整体。因此,吕柟一反理学家强调突出天地之性、贬低排斥气质之性的基本立场,而明确地肯定强调气质之性,明确地主张天地之性不离气质之性、天地之性就在气质之中。在心体问题上,吕柟所谓的“心”作为“气之灵明精粹处”,实际上也就是知觉意识之心,而不是道德义理之心、不是形上本体之心,这种知觉意识之心发在形气之上便是“人心”发在义理之上便是“道心”,“心体”也因此而同样是理气合一的有机整体。因此,养心便是学问的根本,为学君子还必须“预养仁心”,从而使其知觉意识之心发在“义理”之上并且贯穿于“形气”之中,否则人也就只能是无异于禽兽、甚至还是禽兽不如。在为学工夫上,吕柟所坚持和强调的乃是“知先行后”、“真知力行”,从而在实际上是将为学工夫划分成了相互包含、相互贯通的“知字工夫”与“行字工夫”。在“知字工夫”上,吕柟主张“以格物为穷理”,肯定“观察求取”,强调“修身为本”,从而明确地提出了“德性与闻见相通”的理论主张,试图将追求道德性理的“明德论”同追求客观物理的“知识论”结合统一起来。在“行字工夫”上,吕柟所主张和强调的是事上习心、慎独致曲、甘贫改过的躬行践履工夫,历代学者也因此而普遍地肯定并强调了吕柟理学的躬行践履之特质。在为学境界上,吕柟所追求期望的就是“心事合一”圣人境地,亦即道德践履与事业实务贯通为一的圣人之妙境,亦即道德性理见之于事业实务的圣人之化境,而非心学末流脱离事业实务的心灵幻境、而非理学俗儒脱离道德性理的功利实效。总之,吕柟作为几与阳明相抗衡的著名理学家,秉承关学之风、融会各家之说,确立了以“理气非二”为根本、以“格物穷理”为进路、以“慎独致曲”为工夫、以“心事合一”为目标的躬行实学的理论体系。吕柟理学的思想特质也就是将道德践履贯穿于事业实务,吕柟理学所特别强调的也就是“正心为本,务实为要”,所标举主张的也就是内在德性之实有与外在事业之实务的贯通为一。