山羊是人类最早驯化的动物之一，已经成为十分重要的经济动物，每年为人类提供大量的肉、奶、绒、毛、皮等，在全世界范围内大量饲养。然而山羊的育种相对于猪、牛来说十分落后。人类全基因组关联分析成功鉴定了许多与复杂性状相关联的位点，这促使人们迫切的想要利用高密度SNP捕获芯片对数量性状遗传进行分析和分子标记辅助育种。但由于山羊育种平台的缺乏和有效的基因分型技术缺乏使山羊的育种进展缓慢，国内尚无利用SNP作为分子标记辅助对山羊进行育种的报道。本研究中我们开发了适合于山羊育种的中低密度基因分型技术，它是利用118只来自世界各地山羊重测序数据，筛选出尽可能均匀覆盖全基因组的66，856个SNP，于每个目标SNP附近设计捕获探针，通过杂交捕获目的片段进行测序，进行个体基因型鉴定的技术。针对Illumina测序平台、proton平台和CG平台不同的测序原理和读长，我们分别设计了叠瓦式、两侧式和叠加式探针。Illumina平台和proton平台使用叠瓦式探针，CG平台测序使用两侧式探针或叠加式探针。中低密度基因分型技术的成功开发为山羊的GWAS分析和分子标记辅助育种打下了基础。