由于我国多次的行政机构改革，产生了许多由国家机关转型而来的行业协会，这些行业协会作为社会团体中的一种组织结构，通过对其内部的会员大会、理事会和秘书处的职权的实际运用的状况、组织之间的定位以及权力制衡的关系进行研究，对其内部治理结构进行分析可以更好地了解组织的本质和运作过程，对于行业协会的发展具有现实的意义。　　 本文运用自然系统视角、委托代理理论和新制度主义的理论，借鉴非营利组织的研究成果，以C行业协会为政府转型的行业协会代表，分别从正式制度框架方面、实际运作方面对三个层级的组织——会员大会、理事会和秘书处进行分析，以阐明其运作中存在的问题。　　 在正式制度框架方面，包括如何成为会员、理事会成员；如何召开会员大会、理事会；会员大会、理事会、常务理事会、理事长和秘书处的职权。在实际运作方面，包括成为会员、理事会成员的动因；成为会员、理事会成员的实际程序；成为会员、理事会成员可获得的利益；会员大会、理事会的实际运作过程；秘书处的实际运作过程。　　 我们发现，C行业协会内部治理结构存在制度层面和实际运行的脱节，三个组织的权力层级正好是倒置的，在制度层面，会员大会处于顶层，在实际运行中，秘书处处于顶层。对实际运作进行分析，我们可以总结出会员大会虚设、理事会功能的弱化和秘书处的强势地位三个主要问题，其中理事会功能的弱化体现在任命制对治理结构具有重大影响、集权式管理、有效协调机制的缺乏和内部监督机制的虚设四个方面。针对存在的问题，借鉴国外行业的经验，提出了完善内部治理结构的途径，构建以理事会制度为核心的内部治理机制，重置三个组织的权力层级，以改善存在的问题。　　 本文研究的意义主要在于从组织学的角度探讨行业协会的内部治理结构，通过描述组织的现存特征及其相互关系，以便更好地了解组织的本质和运作。