作为一种典型的非营利组织,公益基金会在我国社会公益慈善事业中起着至关重要的作用,但公益基金会运作失范事件亦是频频发生,问题层出不穷,严重阻碍了公益事业的健康有序发展。如何解决大陆公益基金会的治理问题并规范自身行为,已迫在眉睫。台湾地区与大陆公益基金会的生成模式和生长环境差别较大,其治理结构及治理机制必然存在着差异,但两岸有着同样的文化传承和历史背景,因此,将大陆与台湾地区公益基金会治理状况进行对比,同西方发达的国家相较而言,更具有借鉴意义。同时,对两岸公益基金会的治理进行比较研究,有助于公益基金会相关政策环境的营造,并在深化两岸公益基金会组织交流合作的基础上,密切两岸人民的合作交流与来往,推进两岸社会和谐发展。本文基于大陆与台湾地区公益基金会治理比较研究视角,首先,分析了大陆与台湾地区公益基金会的发展历程,并在此基础上,从规章制度方面对组织的治理机构和治理机制进行对比;然后,运用层次分析法,根据大陆与台湾公益基金会的治理实践,构建具有层级性的两岸公益基金会治理评价指标体系,通过专家判断矩阵,计算出各项指标的权重,继而对大陆及台湾地区发展较好的教育类基金会进行问卷调查,综合问卷得分与指标的权重,得出被调研基金会的综合得分,并对其治理现状进行评价,总结发现在治理过程中存在的突出问题;最后,从法律规范、治理结构和治理机制三方面来对比总结两岸公益基金会的治理,并得出两岸公益基金会治理的启示,提出完善大陆公益基金会治理的建议,包括完善公益基金会治理的法律规范、治理结构和优化治理机制等。