本论文主要测定了赤狐的线粒体基因组全序列,对其结构进行了研究分析,并结合其它几种犬科动物的线粒体基因组对赤狐的起源进化进行了研究和探讨。　　 利用Long—PCR法对赤狐的线粒体基因组进行了全序列测定。结果表明,赤狐的mtDNA的序列总长度为16723 bp,碱基组成为:31.3％A、26.1％C、14.8％G、27.8％T,碱基组成表现为富含AT,碱基含量排列顺序和其他哺乳动物一致:A>T>C>G。赤狐的线粒体全基因组包含13个蛋白质编码基因、两个核糖体RNA基因、22个转运RNA基因和一个控制区。除赤狐的ND3基因起始密码子为不常见的ATT外,赤狐与北极狐、狼、家犬、郊狼的线粒体蛋白质编码遵循相同模式。除了tRNA—Ser(AGY)缺少二氢尿嘧啶环外,其他的tRNA均可以折叠成典型的三叶草型二级结构。控制区长度为1263bp,在已测序的犬科基因组中为最短。控制区可分为三个区,即延长终止区、中央保守区、保守序列区。延长终止区和保守序列区碱基变异程度较大,中央保守区最为保守。三个区域内均存在一些序列保守的功能区:位于5’末端的延长终止区含有一段终止相关序列TAS,可以折叠成发卡结构；中央保守区包括五个保守区段(CSB—F,E,D,C,B)；保守序列区包括三个保守区段(CSB—1,2,3),在CSB—1和2之间发现一段较长的富含AC的随机重复序列,可折叠成多重的茎环二级结构。　　 为验证赤狐与其他犬科动物的系统发育关系,利用12个重链蛋白质编码基因,分别通过邻接法和最大简约法构建了系统发育树。结果表明:赤狐与北极狐是姐妹群,它们在犬科中都属于赤狐型分支,而灰狼、家犬和郊狼则属于狼型分支,研究结果与现有的系统进化研究结果一致。