肠炎沙门氏菌(Salmonella enteritidis,SE)是一种常见的人畜共患病原菌,不仅能够引起畜禽的肠胃炎疾病或致死,也对人类的健康造成严重威胁,给养禽业和社会造成了严重的经济损失和危害。家禽对肠炎沙门氏菌感染抗性受基因的转录调控,第二代测序技术的高通量、快速、低成本特点加快了转录调控的研究进展。本研究拟通过高通量测序技术分析肠炎沙门氏菌感染济宁百日鸡后不同时间盲肠组织的转录调控。利用肠炎沙门氏菌感染2日龄沙门氏菌阴性济宁百日鸡,感染后第1、3、7、14天采集试验组和对照组盲肠组织样品,提取RNA,利用第二代测序技术进行测序,通过生物信息学分析鉴定不同时间点转录组变化、信号通路和功能。结果显示:(1)对测序原始数据进行过滤,24个样品中获得189.7Gb数据,平均每个样品为7.9Gb。对试验组与对照组进行差异表达基因的分析,感染后第1天(1dpi)共529个基因的表达显著差异(P<0.05、|log2 fold change|>1),其中上调基因258个,下调基因271个;3dpi时显著差异表达基因数目最多,共1477个,其中上调基因782个,下调基因695个;7dpi有476个基因表达差异显著,其中上调基因264个,下调基因212个;14dpi有432个基因表达差异显著,其中上调基因283个,下调基因149个,其数量是4个时间点中最少的。(2)差异表达基因信号通路富集结果显示,1dpi差异表达基因显著富集在神经活性配体-受体互作、吞噬体、PPAR信号通路等KEGG信号通路中。3dpi差异表达基因显著富集在细胞因子-细胞因子受体互作、Toll样受体信号通路、视黄醇代谢等21个通路中。7dpi差异表达基因显著富集在神经活性配体-受体相互作用、细胞粘附分子(CAMs)、α-亚麻酸代谢等14个通路中。14dpi差异表达基因显著富集在组氨酸代谢、MAPK信号通路等10个KEGG通路中。(3)差异表达基因基因本体论(GO)富集结果显示,1dpi上调基因显著富集到阴离子转运、有机阴离子转运、离子转运、转运体活性离子跨膜转运活性、羧酸跨膜转运活性等类别,下调基因显著富集到多细胞组织过程、离子跨膜转运、细胞投射、肌节等,还有7个离子通道相关条目如离子通道活性、离子通道活性、门通道活性。3dpi上调基因显著富集到大量免疫有关的生物过程类别,如:免疫系统过程、免疫反应、防御反应、白细胞活化、白细胞介素-8受体结合等;3dpi下调基因在生物过程中显著富集于离子运输和代谢两类。7dpi上调基因主要富集于免疫、细胞膜、连接相关等类别,下调基因主要富集于细胞外膜、血红素结合、氧结合等。14dpi上调基因主要富集于信号转导等,而下调基因的显著富集条目主要与代谢有关。(4)感染后4个时间点盲肠转录组加权基因共表达网络分析结果显示,共挑选4个相关性较高的模块。能量、非编码过程、免疫、发育相关功能模块分别与1、3、7、14dpi相关,分别筛选出5、8、6、5个枢纽基因。lightyellow模块的枢纽基因为MAP3K14、COX5A、UQCRQ、ELL、HSPB11,pink模块的枢纽基因为KLHL12、NIP7、NOB1、ADAM9、AAAS、SCARB2、SARS、CHEK1,green模块的枢纽基因为GMFB、SLC2A14、TLR7、LCP1、SMAP2、TRAF2,midnightblue模块的枢纽基因为MXRA8、CXCL14、C39A13、PODN、ADAMTS10。(5)TLR7、CCL1、CXCL13、NCF1C、FKBP5、SOUL等6个基因的荧光定量PCR结果与测序结果一致。综上所述,本研究结果证明肠炎沙门氏菌感染后,雏鸡盲肠转录组的调控具有时间依赖性。雏鸡对肠炎沙门氏菌感染的调控是多系统协同调控,主要涉及免疫、代谢、信号转导等;免疫调控主要在感染后第3天和第7天被激活,非编码RNA在免疫调控的转变中发挥作用;代谢调控与免疫调控呈补偿式效应,在免疫系统作用减弱时发挥作用。细胞因子-细胞因子受体互作、Toll样受体信号途径、NOD样受体信号途径、IgA产生的肠道免疫网络、MAPK、视黄醇代谢、吞噬体、亚油酸代谢等通路在肠炎沙门氏菌感染中发挥着调控作用。ACE、CD28、TLR2A、TLR7、CXCL14、MAP3K14是肠炎沙门氏菌感染中发挥调控作用的候选效应基因,可作为肠炎沙门氏菌病调控的分子标记。