为了了解在三江源区生态恢复过程中的生物的变化,采集用于恢复三江源地区黑土滩化草地的牧草培育试验田土壤与中华皮蝇第三期幼虫,采用高通量和SMAT测序,结合生物信息学分析,观察了土壤微生物群落结构和幼虫的基因表达谱。结果显示:1.两个年度样本的优化序列百分比均值间差异不显著(P>0.05);2012年的A和B两个样本中的细菌含量比显著少于其他样本(P<0.03);两个年度的试验田土壤样本中细菌含量百分比均值差异不显著(P>0.05)。2.2013D土壤样本中有ORF 62724条,占优化序列的比例是0.11%。NR库中可注释30715条ORF序列;COG/KOG仅注释684个基因;KEGG则有18164个ORF成功获得注释,分布于69个不同生物学通路中。基因功能注释与SSUrRNA同源分别鉴定物种,变形菌门、放线菌门、酸杆菌门为最优势菌门。3.中华皮蝇第三期幼虫基因表达谱中,NR注释近缘物种有12种蝇类(家蝇、地中海实蝇、丽蝇和未知种各1个,果蝇种8个)。其中与家蝇共注释基因量最多(5375)。GO数据库共有4898条ORF获得注释。COG/KOG/NOG注释功能基因是3207个。KEGG库有4456个基因注释,分布在42个代谢通路中,其中只发现糖酵解/糖异生通路,而没有与有氧氧化代谢相关的通路,可能提示皮蝇幼虫或蛹的发育代谢对能量需求比较低。还有26种核转录因子,其中锌指家族转录因子有44个,多个转录因子功能与低温适应有关。结论:1.通过微生物群落分析证实人工牧草可以修复黑土滩化草地生态,土壤微生物群落结构可作为生态恢复的微观指标。同时证实试验田中高原早熟禾的种植年限与试验田土壤微生物群落结构间关联不明显。2.中华皮蝇三期幼虫的基因表达谱中基因和转录因子的功能有趋于蛹的发育和低温低氧适应的特征。3.三江源地区生物有明显的区域独特性。