“三农”问题一直以来是社会聚焦的热点,近年来无论是农民或是政府都将注意力集中在了农村土地的价值发掘上,农地规模化发展成为了农村经济转型的趋势,农民自发的进行了各种土地经营模式探索,经过实践摸索发现农民合作社是适度规模经营土地的有效形式,通过合作社经营土地可以促进农民增收,促进农村经济增长,在利益驱使下,将土地承包经营权作为股份入股合作社的实践愈来愈多,本研究通过各地区的土地承包经营权入股合作社的发展现状进行考察与综合研究,分析总体形势下农地入股合作社模式的开展对农村经济发展的有益性,总结出在现有的土地承包经营权入股合作社有相关理论及政策法规的大力支持下,我国相应的农村土地法律制度的设计并没有和农民通过积极入股合作社进而盘活农村土地经济的活跃现况同步,法律制度的滞后性阻碍了土地承包经营权入股合作社模式在实践中的推广进度,农民不能从规模化经营的土地中充分的发挥合作社的优势来获取收益,因而为促进农民合作社的进一步规范化发展,总结出目前农地经营权入股合作社所面临的法律上有可能会导致农户遭遇利益损失风险的具体困境与制度上的阻碍,例如关于农村土地承包经营权流转的立法没有及时跟进超前的土地经营权入股合作社的法律问题,土地承包经营权入股合作社过程缺乏较为科学规范的土地价值评估规范,个体成员在合作社运营过程中缺失直接经营权的状况下,合作社经营模式等直接影响合作社收益与农民利益的问题,甚至包括农户在土地经营权入股过程中利益分配缺乏严格的管理机制,在合作社经营不善面临解散或者破产情况下,合作社的资产归属债权人与土地承包经营权归属合作社成员出现冲突时没有可供解决的法律依据等等,为避免农户利益无所保障从而衍生更深层次的社会问题,针对具体出现的问题,以法律的角度对实践中的困障进行分析,进而根据具体出现的问题提出有针对性的完善建议,从现有的土地承包经营权相关法律制度方面对入股的各个环节包括法律准入机制、农地退出机制、合作社经营模式与突出的失地风险等方面进行完善,并通过提出建立专门的适应现阶段合作社的发展等等。通过制度构建与其他相关社会机制的完善,为土地承包经营权入股合作社提供全面坚实的政策与法律制度保障,为规模化农业发展提供良好的制度环境,为农业转型提供成熟的方向。