2014版《行政诉讼法》的修改将行政机关负责人出庭应诉制度写入,由此开启了机关负责人出庭应诉制度的序幕。行政机关负责人出庭应诉有助于提高政府的法治化水平,化解行政争议,保护公民权益,提高政府治理水平。但是作为一项新的制度,其法律基础和运行机制亟需完善。本文对五莲县2017——2019年度行政诉讼案件进行分析,发现行政机关负责人出庭率总体水平还较低,特别是正职负责人出庭人数更是寥寥无几。而在出庭过程中,存在出庭不出声的现象。产生问题的原因主要有行政机关负责人观念上不重视、出庭的机关负责权责不匹配、出庭应诉的案件类型不合理、行政机关负责人的应诉综合能力不足。文章认为,为完善这一制度,可以从以下几方面入手:加强对行政机关出庭应诉制度的改革方向,明确出庭应诉人员的范围,厘清应当出庭案件的类型,完善考核机制促进出庭质量,严格落实责任追究制度,以确保行政机关负责人出庭应诉能够真正落实到实处。