本文以形态学与分子遗传学的角度研究了四个罗氏沼虾养殖群体,运用多元统计分析、通径分析、线粒体基因ND1测序对其进行分析,以期理清现有罗氏沼虾养殖群体的遗传背景,建立种质资源库、得到遗传分子辅助标记、构建罗氏沼虾基因遗传图谱和培育出兼具多优良性状的新品种提供基础信息。本研究初步地将16个性状数据进行描述性统计,再进一步转换成比例参数进行多元统计分析比较四个罗氏沼虾养殖群体之间的形态差异。在描述统计显示各性状具有选育潜力。单因素方法分析发现在四个养殖群体中形状比例参数仅B:RL/BL、D:TL/BL、H:TW/BL无显著差异（P>0.05）。聚类分析结果表明GX1、HN、HZ、GX2的形态差异依次增大。判别分析误判率高。多元统计方法从多角度共同反映了四个罗氏沼虾养殖群体的形态差异度较低。经通径分析研究16项形态性状对体质量的影响。最终建立GD、GX1、HN用于日后选育的回归方程并筛出决定体重的关键性状为第一胸节。将罗氏沼虾四个养殖群体213个个体的ND1部分基因直接测序进行遗传多样性研究,序列全长539 bp,存在339个突变位点,有156个单倍型。各群体的单倍型多样性为0.9980（GX2）¹.0000（GD）;核苷酸多样性（π）为0.03952（GD）⁰.2045（GX1）,较高的多样性表明ND1基因可作为快速并有效监测群体遗传变异的分子标记。仅GX1与HN、GX2与HN具有中等程度的分化,其余遗传分化程度都比较弱。各群体之间的遗传距离与遗传分化程度基本一致。群体内自身的变异占总变异的69.64%,0群体间占30.46%,遗传分化系数较低为0.0668,得知罗氏沼虾四个养殖群体间遗传差异度低。UPGMA聚类分析结果直观显示GD与GX2的亲缘关系最近,其次为GX1与HN,GX1与GX2最远。在罗氏沼虾四个养殖群体的形态学和遗传结构的研究结果中,亲缘关系与差异程度基本一致。通过直接测序法在线粒体ND1基因编码区上发现五个与罗氏沼虾性状相关的多态位点,分别为T3040C、A321-、C389T、T403C、A681G。在五个多态位点中,A321-属于缺失突变;T403C精氨酸错义突变为甘氨酸;T304C、C389T、A681G则属于同义突变。在这五个位点中,所有养殖群体都偏离Hardy-Weinberg平衡状态。在T304C位点上,仅GX2养殖群体的不同基因型在性状OL、RL、CL、BL、TL、CW、TW、CH、AH均值差异显著（P<0.05）。在A321-位点上,GD养殖群体不同基因型在TW、P₂L、P₂PL、TH方面的均值差异显著（P<0.05）,BW、CL、ED、CW、AW极显著（P<0.01）;GX2养殖群体不同基因型在性状OL、BL、CL、TW、CH、TH的均值差异显著（P<0.05）。在C389T位点上,GD养殖群体不同基因型的性状GD、AH的均值差异显著（P<0.05）,剪切力极显著（P<0.01）;GX1养殖群体不同基因型性状P₂PL的均值差异极显著（P<0.01）;HN养殖群体不同基因型性状BW、AH、TH、剪切力的均值差异显著（P<0.05）。在T403C位点上,GD养殖群体位点不同基因型性状CL、BL、CW、AW、TW、CH、AH、TH、滴水损失的均值差异显著（P<0.05）;GX1养殖群体不同基因型的性状BW、P₂L、P₂FL、P₂PL的均值差异显著（P<0.05）,P₂PW与剪切力极显著（P<0.01）。在G681A位点上,GD养殖群体不同基因型的性状OL、TH、pH、剪切力的均值差异显著（P<0.05）,GX1养殖群体的不同基因型pH值的均值差异显著（P<0.05）,GX2养殖群体不同基因型性状OL、TL、P₂PL、TH的均值差异显著（P<0.05）,CL、OL、剪切力、BL、CW、AW、TW、AH极显著（P<0.01）。因此,ND1基因可作为生长发育和肉质的分子标记并应用于罗氏沼虾的遗传育种应用中。