人类进入到二十一世纪,可持续发展的观念已深入人心。可持续发展的基础和保证是自然资源的可持续利用。其中水资源的永续利用和保护,尤其是流域水源保护区生态环境的保护,是我国实施可持续发展战略的关键与核心。近年来,为了加强流域水源保护区的生态建设和水源保护,各大流域水源保护区投资兴建了包括污水处理工程、水源涵养林工程、水土保持等工程以及制定了限制水源保护区Ⅲ类工业发展的一系列政策。在流域行政管理方式上,划分了水资源供给区和水资源使用区。流域水源保护区成为了利益的付出区,虽然国家财政对各项水利工程投入了大量的财政支出,但因在政策层面已限制了流域水源保护区工业的发展,以及流域水源保护区生态环境的保护不仅需要人力和技术的投入,还需要大量资金得投入的主观和客观因素,如果仅仅依靠地方财政,毕竟是杯水车薪,不能从根本上解决流域水源区的可持续发展的问题。更何况流域行政管理方式不合理的划分,导致了流域水源保护区和流域下游用水区不能处在同一水平位置,进而加剧了流域水源保护区与流域中下游用水区经济发展的不同步的现象。本文以东江水源保护区为实例,结合东江水源保护生态环境的现状,分析在东江水源保护区推行生态资源补偿机制所存在的体制上的障碍,从法律的角度分析补偿理论基础上,探讨应根据上下游地区付出和受益的现状,建立流域生态补偿制度。研究科学、合理地制定流域生态补偿的范围、流域生态补偿的形式、流域生态补偿相关费用征收标准,以及受益各方如何合理承担为提高流域水源保护区生态效益所投入的费用,以期实现流域区域经济社会的全面、协调、可持续的发展。