随着经济全球一体化,我国种业市场对外全面开放,外国种业公司的大规模进入,对本土种业公司造成了巨大冲击。种业公司趋向规模化和国际化,对绩效管理及评价提出更高要求,现有绩效评价方法难以满足现代种业公司发展的要求。平衡计分卡作为一种科学先进的绩效评价方法,能立足种业公司战略,从多个维度对种业公司进行全方位的绩效评价,为种业公司提供有效详实的评价信息,使种业公司更好地应对日趋激烈的市场竞争。通过对平衡计分卡和柔性管理的文献资料进行研究,结合种业公司的生产特点,基于柔性管理的视角,选取平衡计分卡四个维度的评价指标,并运用层次分析法测算各指标的权重,构建了种业公司的平衡计分卡绩效评价指标体系,选取A种业公司验证其可行性,并就保障措施提出了相关建议。研究表明,基于柔性管理的平衡计分卡适用于种业公司绩效评价,能全面、系统地对种业公司绩效做出评价,使种业公司能够更好应对内外部环境变化,实现战略目标,获得长足发展。基于柔性管理的平衡计分卡应用于A种业公司,完善了该种业公司绩效评价制度,为其可持续发展提供新的思路。