鱼肠道存在着大量的微生物群落,构成了鱼肠道微生物区系,这些微生物群落是鱼类长期进化的结果,它们和机体的免疫功能、营养需求等都有着密切的关系。微生物生态的监测及其群落多样性分析是微生物生态学研究所采用的重要技术手段和内容。基于核酸序列分析的现代分子生物学技术可以用来检测不可培养微生物的种类,完善微生物的分类系统,从而更真实的反映环境微生物的群落结构。为了分析养殖鱼肠道菌群结构的影响因素,本研究应用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)对其进行了研究。分析比较江苏盐城大丰和射阳地区鲫鱼肠道壁、肠道内容物、饵料、池塘底泥、水样细菌菌群结构:通过DGGE图谱和UPGMA聚类分析结果显示养殖鲫鱼肠道细菌菌群结构受水环境、底泥、饵料微生物影响,且水环境影响较为突出。因此,饵料相同条件下环境因素是影响鲫鱼肠道细菌菌群结构组成的主要因素。进一步分析比较不同配合饲料对草鱼肠道菌群结构的影响。其中以肠衣粉和豆粕作为蛋白源的比较结果发现肠衣粉组菌群结构更加丰富,可能与不同蛋白来源的氨基酸组成有关;不同磷脂水平饲喂的草鱼肠道菌群结果比较基本一致,可能由于添加磷脂对草鱼肠道菌群没有明显影响,而更有利于草鱼对脂肪的消化吸收从而促进生长;对于菜粕和棉粕作为杂粕的添加比例中单一添加棉粕或菜粕对肠道菌群组成具有明显的影响;不添加或者加量添加玉米部分替代次粉作为能量源对于草鱼肠道菌群结构有明显影响;DDGS及麦芽根两种饲料填充剂的不同添加比例对于肠道菌群结构影响不大。基于16S rDNA序列比对分析发现,鲫鱼肠道中主要定植菌群为浮霉菌门、变形菌门、壁厚菌门、梭杆菌门及未分类细菌;而草鱼肠道主要定植细菌属于壁厚菌门、变形菌门、浮霉菌门、蓝菌门和未分类细菌,与所报道的肠道菌群结构基本一致。