土地制度一直都是中国农村经济体制的“脉动”所在。家庭联产承包责任制的实施，是一个“增加的产量归农民”的合约，极大地焕发了农民的生产积极性，解放了农业生产力，促进了农村经济的快速增长。然而，随着市场经济的逐步深入，尤其是，随着我国加入WTO组织，农村承包经营这种小农式的农业生产经营模式的局限性已日益凸显，甚至对农村的现代化发展产生了阻碍。面对占世界22％的人口现状，面对急待解决的“三农”问题，面对日益稀缺的土地资源，我国土地制度改革已显得极为迫切和重要。近年来，中央高度重视农村土地市场的建设，并积极探索新型农业体系发展的有效路径。农民以土地承包经营权入股，既可让农民增加收益，还可以促进农业规模经营、增强农民职业素养和民主管理意识，使广大农民能真正共享改革开发的伟大成果。
　　当前在土地承包经营权入股这一制度改革的研究上，大部分学者赞同这一制度创新，并指出了很多有益的改革方向。在实践中，各地的农地入股改革实践正如火如荼地展开，并已形成了诸如汤营模式、麒麟模式等具有代表性的农地入股实践模式，切实地提高了农民的收入，改善了农民的生活。土地承包经营权入股流转所涉及的制度改革与制度变迁，是一个复杂的法律系统、政经系统和社会系统工程，需要不断去完善相关理论，从而以理论来指导实践，促进入股工作的有序发展。本文从土地承包经营权入股有限责任公司的基本问题开始分析，从法律、经济、社会等多个角度论证了该制度创新的必要性和可行性。根据我国土地承包经营权入股有限公司的相关实践经验，分析了入股有限责任公司三个典型模式各自的成果和不足，进一步论证了当前我国农地入股实践与现行法律制度存在冲突的地方，表现在:在公司法律制度方面，法律在以土地承包经营权入股农业公司的进入机制、治理机制以及退出机制等方面存在冲突或没有明确规定;在土地法律制度方面，法律对于土地承包期限的规定不利于公司的长远规划和发展，关于股权转让的限制阻碍了农业公司的市场化运营，而“入股不转移土地承包经营权”这一规定也不利于公司解散清算工作的有效开展;在物权法律制度方面，我国《物权法》没有明确赋予以土地承包经营权作为出资入股公司的权利，从而使得农地入股是否具有正当性存在了争议，对土地承包经营权不能抵押的法律规定直接限制了公司的融资能力，对于土地承包经营权入股公司不强行要求登记的规定也不利于公司其他股东及债权人行使权利，存在较大了法律风险。
　　最后，基于前面所提出的相关问题，在政策的指导下提出了以土地承包经营权入股有限责任公司应遵循的基本原则，包括坚持入股土地农业性用途原则、坚持农民入股自由原则以及坚持因地制宜原则。以保护农民股东权益为出发点，针对上述存在的法律问题提出了具体的完善建议，主要包括:在公司法律制度方面，采取扩大解释的法律解释原则允许土地承包经营权入股公司，采取设立股东持股会代替众多农民股东行使股东共益权和引入信托持股的方式解决股东人数受限制的法律问题，规定农民股东承担出资瑕疵连带责任须以“过错推定原则”为前提条件促使农民股东尽到对非货币出资的审查义务;在土地法律制度方面，应放开对农业公司的经营期限限制，放宽股权转让的范围;在物权法律制度方面，从法律上直接明确规定可以入股，赋予其法律上的正当性，放开对土地承包经营权抵押的限制，通过立法明确规定以土地承包经营权出资入股必须进行登记，从而促进土地承包经营权入股的规范化。