自主创新能力是影响经济社会发展的重要问题，宏观层次上的自主创新能力研究则是其中的一个重要方面。目前，我国的自主创新能力总体上还比较低，相应地经济增长也呈现粗放形态，学者们对此多有批评，也有一些定性的分析，但缺乏相对严格的实证分析。因此，建立宏观层次上对地区自主创新能力分析的框架并进行评价，采用规范的计量方法对其与地区经济增长质量关系进行分析，是一个具有重要理论和实践意义的课题。本文在总结目前各种宏观层次上能力发展理论包括国家技术能力、国家创新能力、社会能力、国家吸收能力等的基础上，针对我国改革开放以来的发展实际，建立了我国各地区自主创新能力评价的概念模型，对各地区自主创新能力进行了具体评价，提出了其与地区经济增长质量关系的研究假设；在此基础上，参考新经济增长理论有关成果，建立了分析地区自主创新能力和经济增长质量关系的计量模型，并进行了多层次逐步推进以及考虑主解释变量内生性问题的实证研究，得到了相应的结论和政策启示。本文的研究表明，由技术能力(由技术投入能力、技术能力产出绩效、技术转化和吸收能力、技术支撑能力4个方面组成)、制度能力(由产权制度和非国有化水平、对外开放水平、城市化水平和政府规模问题等4个方面组成)及其互动组成的综合指数，可以比较全面地反映各地区宏观层次上的自主创新能力。中国地区间自主创新能力无论是时序还是截面上，均呈现出明显的差异性，既说明对其进行评价是有意义的，也说明其作为解释该地区经济增长质量是比较好的一个指标。本文的研究表明，TFP是表征我国各地区宏观意义上经济增长质量的有效指标，这不但体现在各地区横向对比之间的明显差异上，也体现在一个地区各年TFP的明显差异上，更体现在各地区的TFP和其经济发展水平(人均GDP)之间的高度显著正相关性上。本文的研究表明，通过将知识资本和人力资本、技术能力指数、制度能力指数、技术能力和制度能力相互作用、自主创新能力指数等多种指标作为解释变量的逐层推进的实证检验，发现其均对地区TFP水平的提高具有显著的正面影响，从而从比较规范的计量分析角度验证了地区自主创新能力发展和经济增长质量提高的关系。而且，从量化的角度看，相对于中国目前的发展阶段，考虑其他因素不变的条件下，在自主创新能力发展促进经济增长质量提高的具体要素中，以人均受教育年限表征的人力资本的作用要大于R&D资本累积量表征的知识存量的作用，制度能力的作用即改革的深化和开放的扩大要大于技术能力发展的作用。本文的研究表明，包含技术和制度因素的自主创新能力是内生于经济系统的，通过从地理、历史以及资源禀赋等角度寻找外生性强的变量，作为自主创新能力的工具变量，并采用加入工具变量的二阶段最小二乘法检验，可以有效控制主解释变量自主创新能力的内生性，使得自主创新能力促进经济增长质量提高的结论更加可靠。进一步地，通过与不加工具变量的回归分析相比，发现了主解释变量的内生性使得最小二乘法估计的结果明显向下偏移，从而低估自主创新能力对各地区TFP的促进作用。本文进行的研究，无论在丰富相关理论和对实践提出明确的政策启示方面，都具有比较重要的意义。从理论意义上讲，本文的研究将进一步丰富宏观层次的能力理论、新经济增长理论以及计量经济方面的文献。从实践意义上讲，通过本文的研究，将对我国宏观经济管理特别是技术发展、体制变革和对外开放等多方面提供明确的政策含义。