《真诰》的末世论是东晋中期江东寒门士人许谧、许翙及许氏的灵媒杨羲在建设上清道流时提出的理论，这套理论主要探讨了天地的灾变、救济的手段、旧世界的毁灭以及新世界的重生。该理论的创造者是杨、许集团。杨羲所寄身的许氏家族是寒门武人世家，早期接触天师道与帛家道。杨、许集团试图利用宗教勾勒出一个新的世界秩序，在这个新世界中，门阀大族及其所崇奉的天师道将不再高高在上。想要建立新的秩序，就必须否定旧世界的秩序，因此，以杨、许为代表的上清道流提出了自己的末世论。
　　上清道流认为末世的根本原因是“阳九百六”的宇宙运行规律，即每隔一段时间世界就会发生灾变。末世时世上会发生水灾、旱灾等自然灾害，战争、瘟疫等社会灾难，以及其他诸种灾祸。这些灾变的诱发原因是“人失其真”，即人堕落后无法与道合一。在灾变之后，上清道流提出了一系列救济手段，包括金丹、存思、饵药、黄赤。其中最有效的是金丹和存思之术，而上清道流更推崇存思。这些自力救赎的方法都可以使人“致真”，重新感受道的力量。获得救济之人成为“种民”，在金阙后圣的统治下安享太平。
　　这种末世论起由多因。其灾变素材来源于中国本土的自然灾害与社会灾难，依附门阀大族的寒门武人所面临的社会压力与焦虑是其催化因素，佛教的“三灾”、“劫”等用语的传入为末世论提供了现成的术语，“阳九百六”、“天人感应”等中国传统的思想成为了末世论的理论支持，而道家的“复归”思想则是这种末世论的文化内核。
　　《真诰》末世论具有重要的意义。它是上清道流重要的宣传手段，可以增强宗教宣传效果，同时它还推动宗教、教派以及文化之间的交流，而且为中国的宗教提出了更为理性化、人文化的末世观念。从历史角度讲，该理论积极表达了东晋时期寒门士族的呼声，也反映出信众对太平的渴望以及对当前乱世的厌恶。最重要的是，这种理论可以为今天中国的宗教建设提供参考，帮助人们反思末世论的本质，理性对待宗教中的末世论。