本研究以广西百色马中的德保矮马和土山马，以及新疆伊犁马作为实验动物。采用分段克隆技术，测定德保矮马线粒体基因组核苷酸全序列，并分析其基因的组成；利用PCR—RFLP技术和直接测序方法，研究百色马的遗传多样性，以及其母系起源和分化；克隆百色马的生长激素(GH)基因，分析其结构组成，并预测GH的二级结构；利用PCR—SSCP技术研究以上3种类型马的GH基因及其受体(GHR)基因的遗传多态性，运用一般线性模型(GLM)和方差分析，研究多态位点基因型对马体型性状的影响程度。结果如下：　　 1.德保矮马线粒体基因组核苷酸全序列的测定。结果表明：成功地从德保矮马的外周血液中纯化出了线粒体DNA(mtDNA)；依此为模板，分段克隆出16段mtDNA片段，拼接后获得了德保矮马的mtDNA全序列，全长16654bp，GenBank登录号为EU939445；像其它哺乳动物的一样，德保矮马mtDNA富含碱基A、T，A+T占58.02％；它完整地包含13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA亚基、22个tRNA和一个控制区(D—Loop)；蛋白质编码基因在密码子使用上具有一定的偏性：推测22个tRNA的二级结构呈典型的或近似的三叶草状；mtDNA D—Loop区包含2个扩展终止序列(ETAS1/2)、1个中央保守区(CD)、3个保守序列盒(CSB1/2/3)、1段重复序列(RS)，RS由28个ACCTGTGC短片段串联形成。　　 2.利用PCR—RFLP技术和直接测序方法研究百色马mtDNA D—Loop区段的多态性，探讨百色马的遗传多样性和其母系起源、分化。结果表明：　　 (1)利用9种限制性内切酶对235匹德保矮马和75匹土山马的D—Loop全序列进行酶切多态性分析。结果发现，有5种内切酶表现出单酶切多态性；综合分析单酶切图谱，德保矮马D—Loop序列被分类为22个单倍型，GenBank登录号为FJ392562～FJ392580、GQ203125～GQ203127，土山马包含19个单倍型，GenBank登录号为GQ203128～GQ203144、GQ222059～GQ222060；德保矮马和土山马的单倍型多样度(h)分别为0.8604和0.9005，两者具有比较丰富的遗传多样性。　　 (2)PCR产物直接测序分析德保矮马、土山马和伊犁马的mtDNA D—Loop上游高变区序列(HVS)的多态性。结果发现，德保矮马和土山马均各表现出26个单倍型，伊犁马包含19种单倍型，单倍型多样度(h)分别为0.907、0.950和0.894，核苷酸多样度分别为1.651％、2.105％和1.999％；中性检验表明，德保矮马的分子进化偏离了中性模型，而土山马和伊犁马遵循中性模型；聚类分析发现，11个中国地方品种马156个单倍型主要集中于A、D、F、C等4个支系，A为主要支系；构建中国地方品种马的NJ、MP、ML等3种亲缘进化树，拓扑结构一致，支持家马的多母系起源学说。　　 (3)德保矮马和土山马的遗传距离值为0.024，两者的分化时间大约发生在29.63万年以前；结果分析认为，德保矮马和西南马的起源、进化线路重叠；人为的选种选配是造成德保矮马分子进化偏离中性模型的主要原因。　　 3.百色马GH基因的克隆及结构分析，并采用PCR—SSCP技术研究德保矮马、土山马和伊犁马等3种类型马GH基因的多态性，结果表明：　　 (1)成功克隆了德保矮马和土山马的GH基因的DNA序列，全长1922bp，包括完整的5个外显子和4个内含子，GenBank登录号分别为EU939446和FJ604598。德保矮马和土山马的GH基因序列同源性为99.6％，存在3个位点的碱基差异，其中前两个位点为无义突变，第1739位点的碱基差异引起GH第185位氨基酸的差异，即Arg(AGG)←→Gly(GGG)。基于GH基因构建不同种类动物的亲缘系统进化树，表明GH基因在物种进化中比较保守。蛋白质二级结构推测发现，百色马GH基因共编码216个氨基酸，其中前26个氨基酸为信号肽，后190个氨基酸为成熟肽；马的GH为全a型蛋白，包括4个螺旋，包含2个二硫键。　　 (2)利用PCR—SSCP技术对GH基因4个片段进行多态性分析发现：只有exon5片段表现出基因型多态性，即AA、BB和AB型，纯合子序列之间存在两个位点的碱基连锁差异；等位基因A和B的基因频率接近0.5，在这3种类型马群体中分布均匀，此多态位点属中度多态，处于非平衡状态。统计分析表明，GH基因exon5多态位点的基因型对3种类型马的体型性状指数的影响不显著(p>0.05)。　　 4.利用PCR.SSCP技术研究3种类型马GHR基因9个外显子序列的多态性，分析多态位点基因型对马体型性状的影响程度。结果表明：　　 (1)对GHR基因的9个外显子片段的PCR产物SSCP分析发现，exon1、exon3和exon5等3个片段表现出多态性，其它6个片段无多态性。在3种类型马群体中，exon1片段SSCP分析表现出3种基因型AA、GG和AG型，OG型为优势基因型，G为优势等位基因；exon3片段在德保矮马和土山马表现出4种基因型，即AA、AC、GA和GC，GA为优势基因型，A、G为优势等位基因，而伊犁马的exon3片段无多态性；exon5片段在3种类型马中表现出3种基因型，即AA、AG和GG型，GG为优势基因型，G为优势等位基因。exon1片段多态位点在德保矮马和伊犁马中为中度多态，而在土山马中为低度多态；exon3片段多态位点在德保矮马和土山马中为中度多态，而在伊犁马为单态；exon5片段多态位点在3种类型马中均表现为中度多态。Hardy—Weinberg平衡检验表明，在3种类型马群体中，exon1和exon3片段多态位点处于非平衡状态，exon5多态位点处于平衡状态。　　 (2)分析GHR基因3个多态位点基因型对马体型性状指数影响程度发现，exon1和exon5多态位点基因型对3种类型马的体型性状影响未达到显著水平(p>0.05)；exon3多态位点基因型对德保矮马的体高和体长有显著性影响，AC基因型的平均体高和体长显著高于其它基因型(p<0.05)，GC基因型的体型性状指数均低于其它基因型，拥有G等位基因的群体的平均体高、体长、胸围均比较小；二连组合效应分析发现，G3C3G5G5与矮马的体型矮小显著相关(p<0.05)，相反，A3C3GsG5与矮马的体型高大密切相关(p<0.05)。三连组合效应分析发现，具有G1G1G3C3G5G5三连组合的德保矮马的体长、胸围均明显小于其它组合(p<0.05)，且体高比较低。综合分析发现，GHR基因的3个多态位点之间不存在互作效应，exon3片段GC基因型是显著影响德保矮马体型性状的主要基因型，可以作为与矮马体型矮小性状密切相关的分子遗传标记。