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采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物，PCR扩增四个来自不同地方的西瓜炭疽病菌(Colletetrichumorbiculare)核糖体基因的ITS1和ITS2，并对PCR产物进行了克隆和序列分析。结果表明：西瓜炭疽病菌的ITS全长481bp，其中ITS1长163bp，5.8S长153bp，ITS2长165bp，各碱基A、T、G、C的个数分别为110、106、118、147，GC含量为55.1％。用Mega3软件对此四个序列以及GeneBank中登录的炭疽属其它24个种的ITS1和ITS2聚类分析，结果显示：Colletetrichum属可以分为13个聚类组，各聚类组间存在着一定的遗传多样性，其中Colletetrichumorbiculare、Colletetriehumlindemuthiana在ITS1、ITS2上都聚为一组，这就为用ITS做为靶序列来设计特异性引物将Colletetrichumorbiculare、Colletetrichumlindemuthiana与其他种分开提供了分子依据。
根据GeneBank中Colletetrichum属的24个种的ITS系列，比较设计出一对引物CY1/CY2，可以特异的从西瓜炭疽病菌C.orbiculare和菜豆炭疽病菌C.lindemuthianum菌株中扩增到一条442bp的条带，将这两个种的炭疽菌和其它菌分开。进一步利用RAPD随机引物扩增C.orbiculare和C.lindemuthianum，分别找出在C.orbiculare中和C.lindemuthianum中的特异性条带，经过克隆、测序后，设计出两对SCAR引物RB/RC，CD1/CD2。引物RB/RC可以特异的在C.orbiculare中扩增出一条216bp的条带，将C.orbiculare和C.lindemuthianum分开；引物CD1/CD2可以特异的在C.lindemuthianum中扩增638bp的条带，将C.lindemuthianum和C.orbiculare分开。进一步将引物CY1/CY2，RB/RC组成双重PCR，建立西瓜炭疽菌的分子检测体系，检测灵敏度可达1pg基因组DNA。将引物CY1/CY2，CD1/CD2组成双重常规PCR以及双重荧光PCR，建立菜豆炭疽菌的分子检测体系，检测灵敏度也可达1pg基因组DNA。国内外首次为西瓜炭疽病菌、菜豆炭疽病菌的准确鉴定和采前、采后炭疽病的快速、准确的检测提供了技术和方法。