本文采用 AFLP 分子标记技术对我国海湾扇贝的 4 个不同养殖群体：PB 群体、PC 群体、PD 群体和 PA 群体（见第二章 P37 群体命名说明）共 80 个个体(每个群体 20 个)进行了遗传多样性及遗传分化研究。选取的 7 对引物组合均能扩增出清晰，可重复的扩增产物，扩增带型差异明显。4 个海湾扇贝养殖群体均体现出较高的多态位点比例和杂合度。4 群体的多态位点比例分别为：PB 养殖群体48.8235 %；PC 养殖群体 49.2914 %；PD 养殖群体 38.2353 %；PA 养殖群体 41.1765%。平均杂和度分别为 0.1878；0.1886；0.1265 和 0.1618。遗传距离介于 0.1188～0.0941 之间。4 个群体的 Fst 为 0.1883。海湾扇贝不同群体间及群体内均存在遗传分化。根据遗传距离绘制了 UPGMA 聚类图。4 个群体间的遗传关系如下：加拿大群体和浙江群体聚为一支，墨西哥湾群体和秦皇岛群体聚成一支，最后这两支经过一段遗传距离聚在一起。试验结果表明：经过长时间累代养殖的 PA、PB、PC 群体仍保持较高的杂合度，与引种时间最短的（2 年）、最为接近美国自然群体的 PD 群体比较，以上 3 个群体没有出现多态位点比例和杂合度显著下降的现象。我国养殖海湾扇贝的种质资源处于相对比较好的状态。 AFLP 和 RAPD标记技术是近年来发展起来的基于PCR基础上的两种DNA标记技术，本文以完全相同的材料（上文中提及的四个养殖群体）为基础，对AFLP 和 RAPD 标记技术在海湾扇贝遗传分析中的应用进行了方法学的比较。本文通过应用 20 个 RAPD 引物和 7 对 AFLP 引物组合比较了两种技术在海湾扇贝遗传多样性及遗传分化研究中的应用。检测到 AFLP 标记的有效等位基因数和平均多态信息量稍低于 RAPD 标记。但是 AFLP 在每个单位分析中扩增到的多态性条带数高于 RAPD 标记，且多态性检测效率显著高于 RAPD 标记。AFLP 和RAPD 两种标记技术所揭示的 4 个群体之间的多态位点比例、平均杂合度、遗传距离、近交系数、UPGMA 聚类图等数据指标均表明：AFLP 标记技术所得的遗传参数明显高于 RAPD 标记技术，但是 AFLP 和 RAPD 两种技术所得到的种群间的遗传参数趋势是相同的，说明两种方法所得到的遗传参数高度相关。研究结 - 1 -<WP=6>张雯 海湾扇贝不同养殖群体遗传多样性和遗传分化的研究 硕士学位论文果表明：AFLP 和 RAPD 这两种标记技术均可用于海湾扇贝遗传多样性及遗传分化的分析中，其分析结果是一致的。而 AFLP 分子标记技术在海湾扇贝养殖群体遗传多样性和种群遗传分化分析中比 RAPD 技术更具有多态性丰富和可信度高的优势。AFLP 以其独特的多态性检测效率而日益受到重视。RAPD 标记技术可靠性相对较差，存在低重复性和低稳定性的问题。但是，由于 AFLP 技术相对比较昂贵，技术含量较高，如果在资金不是很充足或是应用在结果要求不是很高的试验中， RAPD 技术也不失为一种简便有效的分子标记。