斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)是印度洋,红海,北太平洋,西太平洋和东南亚海域有价值的重要海水鱼类,也是我国主要的海水养殖品种之一。由于无节制的捕捞、水域污染等人为因素影响,斜带石斑鱼野生种群资源量急剧下降,一直以来我们多用人工增殖放流的方式增加其资源量,但没能对放流水域种质资源进行甄别与遗传评估。本文以微卫星即简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)为遗传分子标记进行亲子关系鉴定,准确区分人工放流群体与野生群体,建立斜带石斑鱼混合群体的判别技术体系,并对将要放流子一代群体进行遗传多样性评估,从而为人工增殖放流提供技术支撑和基础理论依据。本研究中,我们基于全基因组测序开发的77个高多态性SSR标记,构建2套斜带石斑鱼亲子鉴定体系,对群体遗传多样性进行分析,研究结果表明:(1)基于本实验室Illumina二代全基因组测序分析得到的77条2-4碱基重复微卫星序列,我们筛选出7个三碱基SSR、5个四碱基SSR,这些微卫星标记扩增稳定、高度多态性、高杂合度,且具有相同退火温度58℃。通过对条件的不断优化,我们建立了2套多重荧光PCR体系,并使用全同胞、混交家系进行验证,鉴定准确率均达100%,且扩增稳定;(2)构建一个混交家系,其中亲本27个(雌性15个,雄性12个),子代F1有226个。另从海南、大亚湾选取两个野生群体,分别有38个、41个,与养殖混交群体子代F1混合,用于模拟增殖放流群体,进一步验证亲子鉴定体系准确性。结果显示,仅有4个体鉴定错误,准确率达98.68%,可用于斜带石斑鱼群体甄别;(3)运用已建立的2套亲子鉴定体系共12个SSR标记对将要放流子一代群体进行遗传多样性分析,与海南、广东地区2个野生群体相比发现了明显的遗传分化,说明养殖子一代群体不适合进行放流活动。本研究建立了2套分辨率极高的斜带石斑鱼亲子鉴定体系,该体系可应用于斜带石斑鱼人工增殖和放流工作,并且可为遗传育种等研究奠定基础和提供理论依据。