随着我国加入世贸组织,我国参与国际贸易活动越来越频繁,法院受理的知识产权案件数量和种类骤增,其中涉外案件也越来越多,人民法院正面临着巨大的工作压力,我国知识产权司法保护将面临严峻的形势。知识产权保护尤其是司法保护工作,已经成为我国在履行入世承诺中最为引人注目的问题之一。在日趋激烈的国际竞争中,如何处理好知识产权案件将是对我国知识产权司法保护工作的重大考验。TRIPS协议对知识产权司法保护的内容作了具体的规定,这些规定是我国实行知识产权司法保护的标准和依据。然而,我国虽在入世前对知识产权的相关法律作了修改,但与TRIPS协议的要求仍有一定的差距,如在知识产权司法保护主体方面、透明度方面、证据措施和临时措施方面以及司法审查和刑事措施方面,严重影响着我国知识产权司法保护水平以及与TRIPS协议的接轨。本文以TRIPS协议为视角,在分析我国知识产权司法保护水平与TRIPS协议之间的差距的基础上,理出我国知识产权司法保护存在的主要问题。主要包括：行政保护与司法保护之间缺乏协作,“三审分立”的模式的不足,知识产权案件的级别管辖存在问题,执法标准亟待统一以及对知识产权的侵权行为打击力度不够等等。针对上述问题,深入剖析差距以及存在问题的原因,从宏观和微观两个层次提出完善我国知识产权司法保护的建议：一方面在宏观上做到妥善把握TRIPS协议的总体精神,正确理解TRIPS协议关于司法保护的最低标准,修订完善知识产权的法律法规,并恰当把握司法实践的重点。另一方面,在微观层面积极协调执法与司法,建立科学的知识产权案件审判机制,完善知识产权司法审查制度,最后加大对知识产权侵权行为的制裁力度。