Multi-ARMS-PCR与Optimized PCR-RFLP对抑郁症患者载脂蛋白E的基因分型

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研究背景抑郁症是由多种原因引起的常见的精神疾病,其主要临床特征为显著而持久的情绪低落。载脂蛋白E (apolipoprotein E)是血浆脂蛋白的重要组成部分,在脂类的运输和代谢中起着重要作用。ApoE蛋白具有三个亚型(isoform):apoE2, apoE3和apoE4,三种蛋白亚型的主要区别在于112位的半胱氨酸(Cys)和158位的精氨酸(Arg):apoE3多肽链的112位点为半胱氨酸(Cys),158位点为精氨酸(Arg),即(Cys112/Arg158)。apoE2多肽链的112位点和158位点都是半胱氨酸(Cys),即(Cys112/Cys158)。apoE4则在112位和158位均为精氨酸(Arg)即(Arg112/Arg158)。载脂蛋白E蛋白的多态性取决于APOE基因第4外显子112位点和158位点的基因序列。即Cys112(TGC)和Arg158 (CGC)为apoE3, Cys112 (TGC)和Cys 158 (TGC)为apoE2, Arg112 (CGC)和Arg158 (CGC)为apoE4。随着科学技术的发展和科学研究的需要,科学家发现了很多种APOE基因型检测方法,常见的有:聚合酶链反应-限制性核酸内切酶片段长度多态性(PCR-RFLP),聚合酶链反应-扩增阻滞突变系统(PCR-ARMS),聚合酶链反应-单链构象多态性技术(Polymerase chainreaction single strand conformation polymorphism, PCR-SSCP)等。PCR-RFLP方法有单酶切和双酶切两种:单酶切方法酶常采用限制性内切HhaⅠ或限制性内切CfoⅡ,其中限制性内切酶HhaⅡ比CfoⅡ常用。双酶切方法常采用AfⅢ和HaeⅡ两种限制性酶。由于不同的基因分型方法研究结果的准确度和灵敏度大小不相同。故寻找快速、准确的APOE基因分型方法对抑郁症的大规模检测研究以及研究APOE多态性与抑郁症的相关关系是必要的。同时APOE基因型检测作为一种辅助手段对抑郁症的诊断也具有一定的价值。目的此研究中,我们比较了APOE基因分型常见的2种快速检测方法-Multi-ARMS-PCR法和Optimized PCR-RFLP双酶切法,试图找到较为快速准确的APOE基因分型方法,为研究APOE基因型多态性与抑郁症的相关关系提供方法依据。方法1.我们以西南地区汉族人群为研究对象,分别从正常人群和抑郁人群随机抽样,选取708例人为研究对象的全血标本,其中正常组358例,抑郁组350例,然后提取基因组DNA,采用Optimized PCR-RFLP双酶切和Multi-ARMS-PCR两种方法检测APOE基因型。2.以基因测序为金标准,将Optimized PCR-RFLP双酶切法、Multi-aRMS-PCR两种方法检测的实验结果与基因测序方法相比较,用皮尔逊卡方检验(Pearson chi square test)进行统计,比较Optimized PCR-RFLP双酶切法和Multi-ARMS-PCR法的准确度,以筛选出较为优良的APOE分型方法。结果Multi-ARMS-PCR法和optimized PCR-RFLP法都能检测出六种基因表型:s2/s25s3/s3,64/e4,ε2/s3,ε2/s4,ε3/s4。与测序结果相比,multi-ARMS-PCR法与测序结果的一致性(94%)比optimized PCR-RFLP双酶切法(82%)好。结论在两种APOE基因多态性的快速检测方法中,multi-ARMS-PCR方法是一种快速、准确、灵敏的基因型检测方法。
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