我国婴幼儿杯状病毒腹泻基因特征和分子流行病学研究

来源 :中国疾病预防控制中心 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xtchen
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国外对人杯状病毒(Human Calicivirus,HuCV)已有较全面的研究报道,认为HuCV不仅是急性胃肠炎暴发的重要病原,也是其散发的重要病原。近年来对HuCV基因特征的研究被广泛应用于HuCV的分子流行病学研究。HuCV毒株间遗传高度变异,对HuCV不同基因型间及基因型内的核苷酸差异进行研究,可被用来对该病毒进行统一的分型和命名、确定其流行特征及发病机制,研究表明患者对NV感染的获得免疫能力、易感性以及抵抗力与患者感染HuCV的基因型有关,因此HuCV基因特征己成为流行病学研究的一种重要工具,日益受到重视。从前,对我国大范围内的HuCV基因特征研究的了解甚少,因此有必要开展这方面的工作。 本研究利用序列分析和遗传进化树分析方法初步确定我国婴幼儿腹泻患儿中HuCV的基因型。收集我国9个地区5岁以下急性腹泻患儿进行HuCV监测,病毒检测采用ELISA方法和RT-PCR方法,获得其RNA多聚酶区的基因序列。将样本HuCVRNA多聚酶区测序结果与GenBank中的参考株进行核苷酸同源性对比分析,建立遗传进化树。对我国八个地区2004.4~2005.3期间859份5岁以下婴幼儿非菌性、轮状病毒阴性腹泻粪便标本以及兰州地区2004.7~2005.6期间400份5岁以下婴幼儿非菌性腹泻粪便标本研究表明,HuCV检测总阳性率为12.4%,全年都有流行,6~17月龄婴幼儿为主要发病人群,这和以往研究基本一致。79株测序病毒中,仅兰州地区测到4株SV毒株,均属于SGII遗传组,75株NV主要分为4个基因型,大多毒株属于以LV为代表的GGII/4(57/75),其次为以MxV为代表的GGII/3(9/75),此外,还发现1株GGII/8(以Amsterdam virus为代表)和1株GGI/2(以SV为代表),另有7株都属于GGII基因组,但尚不能归入现有基因型。将本研究中测得的79株病毒同我室1999年至2001年间测得的另外72株病毒进行了序列同源性分析,多序列对比和遗传进化分析,发现146株NV毒株之间核苷酸同源性有较大差异(55.8%~100%),2004~2005年间未能测得NVGGII/5基因型、GGII/6基因型以及GGII/7基因型。GGII/4毒株一直以来都是我国的优势流行株,型内不同核苷酸序列同源性为83.2%~100%,在监测的所有地区都有流行。另外,除了兰州测得的4株SV毒株外,1999年在在北京检测到1株SV毒株,亦属于SGII遗传组,但和兰州的毒株核苷酸差异较大,说明我国婴幼儿中存在不同基因型HuCV感染,且这些毒株间遗传变异较大。 为了解我国流行的GGII/4优势株的变异情况,将我国测的99株GGII/4毒株与包括参考株和当今主要流行株在内的其它5株NV GGII/4毒株RNA多聚酶区部分序列进行了分析,其RNA多聚酶区内的保守基序GDD基序变异情况表明,我国流行的NV GGII/4毒株基本属于两个亚群,其中1999~2001年以US95/96亚群为优势株,也存在Lordsdale亚群,而2004~2005年则以Lordsdale亚群为主导,零星存在Farmington Hills亚群,这一结果和遗传进化树结果基本一致,说明我国从1999~2005年间GGII/4优势流行株随时间发生了改变。 通过建立扩增NV ORF2的RT-PCR方法,对一株来自卢龙的毒株ORF2区氨基酸序列进行了初步分析,遗传进化分析亦分型为GGII/4,证明了HuCV毒株的基因型和抗原型存在对应关系,且这株病毒和目前被确认的NV流行主要毒株之一的Farmington Hills亚群同属于GGII/4中的一个亚型,其和HGBAs受体结合形成结合袋的4个关键位点中的第4个发生了变异。这些位点在其他NV是否也发生了变异,有待于进一步扩大样本予以确认。 本研究首次在我国较大范围内进行HuCV的监测,并建立了扩增NV ORF2的RT-PCR方法,初步确定了我国HuCV的流行情况、毒株的基因特征以及基因变异的基本情况,为我国HuCV腹泻的预防和控制提供了科学依据,并为将来发展适合我国流行情况的HuCV诊断方法打下了基础。
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