我国国企改制经过近十年的实践，逐步探索出了一套适应我国国情的公司治理模式、法人治理结构及运行机制，并取得了一些重大的理论成果。但实践中，存在着法人治理结构及运行机制不完善、经营者激励约束机制不健全等问题，以致使改制后公司的运行模式和机制没有得到根本的改善。 科研院所改制是国有企业深化改革、建立现代企业制度的重要组成部分。1999年8月20日国务院颁布了《关于加强技术创新，发展高科技实现产业化的决定》，决定指出，应用型科研机构和设计单位要尽快实行企业化转制。由于科研院所改制与一般企业的改制相比，有其特殊性，如拥有大量的无形资产和专业技术人才；以科研和技术服务为主营业务等。因此，科研院所的改制不能完全照搬一般企业的做法，而应在分析科研院所特殊性的基础上，根据科研院所的实际情况来设计和实施改制方案。 论文的主要内容如下： ①在总结国企改制中存在的主要问题基础上，通过分析科研院所改制的特殊性，提出了科研院所改制的一般理论和方法，包括：科研院所改制应着重解决的几个关键问题；科研院所改制的三个理论；科研院所改制的三种模式；科研院所改制方案的结构与内容以及实施策略。 ②通过国内外法人治理模式的比较研究，得出了科研院所改制应选择的法人治理模式、股权结构及法人治理结构；分析了中国公司法人治理运行机制存在的主要问题，提出了促进科技型公司法人治理机构有效运行的改进措施。 ③通过科技型公司的管理制度体系研究，得出了科技型公司管理制度体系的结构和内容，提出了以业务主体活动和管理支撑活动为管理要素，以流程为主导的管理制度建设的过程和方法，为改制公司的制度建设提供了科学的方法。 ④根据科研院所改制的研究结论，以新疆石油管理局采油工艺研究院(以下简称采研院)为改制实例，系统设计了采研院的改制方案，包括：采研院改制的总体框架方案；采研院改制后公司的法人治理结构及运行方案，采研院改制后公司的经营者激励约束方案，采研院改制后公司的管理制度建设方案。