虚拟筛选是创新药物研究的新方法和新技术，近年来引起了研究机构和制药公司的高度重视，并且己经成为一种与高通量筛选互补的实用化工具，加入到了创新药物研究的工作流程中。随着结构生物学、结构基因组、功能基因组学及蛋白质组学的发展，越来越多的生物大分子三维结构被测定，这深刻地改变了药物研究开发的思路和策略，最终形成了新药研究的新模式--从基因组到药物。分子对接和药效团搜索是虚拟筛选的两种非常重要的方法，也是国内外前沿研究课题，目前已有一些实用的软件成果发布。在大规模的虚拟筛选过程中，需要使用很多工具软件执行各种复杂的操作，加上交叉学科的特点，在实际应用过程中常常遇到很多困难。本文在熟悉使用各种虚拟筛选软件和辅助工具的基础上，研究开发了一个整合的虚拟筛选平台，该平台整合了分子对接和药效团搜索两种主要的虚拟筛选工具，以及图形显示、格式转换、聚类分析等多种辅助功能软件，使用者可以灵活使用该平台完成定制的虚拟筛选流程。本文主要研究内容和取得的成果如下：1.对目前较流行的分子对接和药效团搜索两种药物设计方法进行研究，对各种打分函数进行研究和评估，将多种打分函数整合到虚拟筛选平台中，使用者可以根据需要构建独立的或者两者结合的筛选流程。2.虚拟筛选平台图形界面化，筛选的每一步操作都可以根据需要通过图形软件进行检查和判断。3.平台提供筛选结果处理和聚类分析等功能，实验结果能够在平台中显示和分析。4.选择一个具有代表性的蛋白靶标-Thrombin蛋白和DUD小分子化合物数据库进行虚拟筛选实验，分别使用分子对接和药效团搜索以及这两种方法的组合的方法进行三次实验,实验结果表明该平台的有效性。本文研究提供了一个开放的虚拟筛选框架，论文最后讨论了该虚拟筛选平台的优点和不足，并给出进一步的研究方向。