章太炎的《尚书》研究,上援汉唐经师之注释,下承清儒之训诂,在论述《尚书序》、解《尚书》和探析《尚书》学史上作出巨大的贡献。他取得这样的成就,与清末民初的学风和《尚书》研究相关。由于考据学者戴震、段玉裁、王引之、惠栋、焦循等对其治学的反省,及以章学诚为代表的史学家、以唐鉴为代表的理学家和桐城派等对考据学者治学的抨击,曾经占学术主流地位的考据学式微。然占今文经学核心组成部分的公羊学却得到复兴,并逐渐成为学术发展的主流,从庄存与到龚自珍,都不遗余力的倡导公羊学。他们怀疑、斥责古文经,这既引发了学界的经今、古文之争,又进一步解放了人们过于崇信儒家经典的思想,民初学界就爆发了怀疑中国上古史的大讨论。在这种学风影响之下,此时的《尚书》学研究带有浓厚的今文经学色彩,魏源、龚自珍、皮锡瑞、廖平、康有为等推崇今文经学,倡导经世致用,研究《尚书》与社会诉求相结合。同时,《尚书》研究也出现新风尚,孙诒让、王国维、杨树达、董作宾、于省吾等利用甲骨文、金文等古文字研究的成果,并结合传世文献来治《尚书》,取得超越前人的成就。章太炎就生活在此环境中,凭借其具有精深的小学知识修养,利用新出敦煌本《尧典释文》《三体石经》等,获得许多治《尚书》的成绩。章太炎不仅研究儒家经典,还强烈谴责清末民初以来的废经运动,并在晚年大力倡导读经、讲经。他崇尚古文经学,称赞刘歆等治经多用古文说,驳斥刘逢禄、皮锡瑞、廖平、康有为等推崇的今文经学。且他指出宋、明理学家和清代经学家治经的弊病,主张治《尚书》要“通训诂”、“撰大义”、明史事等。其很重视运用《尚书序》《尔雅》《尚书传》等来研究《尚书》,并十分谨慎地改动经文的字形。章太炎赞同汉唐经师主张《尚书序》为孔子所作的观点,提出《尚书序》百篇为孔子所录,坚持古文《尚书》有《尚书序》,今文《尚书》无《尚书序》。对《尚书·尧典序》《大禹谟序》《禹贡序》《甘誓序》《五子之歌序》《胤征序》《盘庚序》《西伯戡黎序》《微子序》《泰誓序》《武成序》《洪范序》《旅獒序》《微子之命序》《君爽序》《立政序》及《文侯之命序》等,他都作了详细的论述。与汉唐人对《尚书序》的解释相比,其对一些重要字、词、句的论述更有新意。对《尚书·尧典》《舜典》《皋陶谟》《益稷》《禹贡》《甘誓》《汤誓》《盘庚》《高宗肜日》《西伯戡黎》《微子》《牧誓》《洪范》《金滕》《大诰》《康诘》《酒诰》《梓材》《洛诰》《多士》《无逸》《君奭》《大诰》《多方》《立政》《顾命》《康王之诰》《吕刑》《文侯之命》《费誓》《秦誓》等里的疑难字、词、句,章太炎站在上千年经学家解《尚书》的基础上,作出补充说明和新疏。他把其放在夏、商、周三代及更远古的历史大背景中去考察,注重文字的训诂和字、词的考证。与前人对《尚书》的注释一样,他也是追寻忠实于先秦经典的原义,且其对《尚书》诸篇作出的疏通和新解是后代学者探究该书难以绕过的高峰。章太炎留有《太史公古文尚书说》《尚书略说》等探讨《尚书》学史。他对《尚书》的命名、孔子删《尚书》、秦始皇焚书、汉代的经今、古文之争、《史记》引述《尚书》用古文、东晋伪古文《尚书》及明清《尚书》学史等都有论述。其研究《尚书》学史上的重大问题,对后人写《尚书》学史起了导引作用。章太炎怀疑甲骨文,就没有利用甲骨文治《尚书》,且在他去世之后,学界又在新出的石经、敦煌文书及一些简帛里,发现不少关于《尚书》的出土文献。故其治《尚书》,存有不足之处。他主张今文《尚书》无《尚书序》值得商榷,其在解《尚书》时,对《甘誓》“三正”、《高宗肜日》“孚”字、《金縢》“穆卜”、《无逸》“卑服”等的解释,值得人们去进一步探究。