健全的公司治理对世界经济的重要性并不亚于国家治理，而一个国家的繁荣也极大地依赖于公司的良好业绩。良好的公司治理对保护投资者利益、维持金融秩序、规范发展资本市场，增强投资者信心等方面都起到至关重要的作用。农业高新技术企业是我国目前经济发展的生力军，也是带动农业增长和农民增收主要载体。农业高新技术企业的发展对于中国的农业和农产品加工业的发展起着关键的带动作用，但是目前我国农业高新技术企业在成长中出现了许多问题，使得农业高新技术企业的业绩受到极大的影响，而解决这些问题提高企业绩效的关键就是完善农业高新技术企业的治理结构。由此，本文以财务管理学、经济学和管理学为理论分析基础，从公司治理基础理论入手，以农业高新技术企业为特定的研究对象，认真分析了当前农业高新技术企业治理结构中存在的问题及产生的原因，并对农业高新技术企业治理结构与经营绩效之间的相关关系进行了实证研究，从而对我国农业高新技术企业治理结构的合理安排提出构想。有利于我国农业高新技术企业的健康快速发展，有利于解决“三农”问题，有利于提高农民收入。 首先本文采用规范研究方法，阐述了公司治理内涵的不同解释及公司治理的作用机理，比较分析了两种典型的公司治理模式，论证了公司治理理论的发展方向和应用情况。接着，详尽分析了农业高新技术企业治理结构存在的主要问题及原因。然后，以我国上市的农业高新技术企业为研究样本，提出了研究的基本假设并构建了回归模型，从股权结构、董事会规模、内部人控制度等方面对公司治理与公司经营绩效进行实证分析。实证研究的结论表明，农业高新技术企业的资产规模、固定资产投资与净资产收益率呈现显著的正相关关系，董事会规模与净资产收益率之间呈现较为显著的正相关关系，而董事会的内部董事比例与净资产收益率之间呈现负相关关系。最后，本文以规范研究和实证研究的结论为依据，从股权多元化、规范董事会运作机制、建立合理的激励与约束机制等方面对优化农业高新技术企业的治理结构提出了相应的政策和建议。