明代著名医家孙一奎以《内经》、《难经》等医经为基础，兼采张仲景、薛己、朱丹溪、汪机、易水学派等前贤所长，对中医理论中的太极阴阳、宗气、营气、卫气、三焦、包络、命门、相火等问题都作了进一步的阐述和发挥。他首创“命门肾间动气说”，认为“三焦为气母，有经无形，总只一而已”，强调命门为动气之所系，三焦为原气之别使，火为生生不息之机，宗气统乎营、卫，关乎人身阴阳二气之大要，对肾命学说提出了独到的见解，得到了后世医家的肯定。 阳动则生身，为生命的根本动力，孙一奎将疾病主要的原因归于下元肾阳不足。因此，治疗上他注重温补下元，认为如此则元气自归；在重视温补肾命阳气的同时，又主张补益肾精，精气同治。他深知脾与肾相互资生，互相促进，因此治疗时也不忘脾肾同治。孙氏临证用药以益气温阳为主，擅长使用血肉有情之品，但不弃熟地黄等草本药物，尤其重视以固本培元药物调摄人体阴阳，培护生命元本。孙一奎在医学理论和临床实践方面的卓越成就，对后世产生了深远的影响，使后世医家认识到以温补鼓动肾间动气和培元固本，保护三焦元气的重要性。