高等教育发展水平是一个地区发展水平和发展潜力的重要标志。当前,广东省正处于率先全面建成小康社会的决胜阶段。进一步做好高等教育工作特别是地方本科高校工作,对于广东省深入实施创新驱动发展战略、加快建设教育强省和人才强省都具有十分重要的意义。2016年6月,广东省在全国率先全面启动省市共建本科高校工作,选定11所高校作为省市共建高校,其中8所在粤东西北地区,3所在珠三角非核心区域。省市共建高校项目将对促进粤东西北地区和珠三角地区一体化发展,推进广东省高等教育分类发展格局的初步形成具有重要作用,同时也是政府落实政府简政放权,转变高等教育行政管理的有益尝试。本文运用合作治理理论、高校财政资金使用绩效评价等相关理论对省市共建高校治理协调机制运行状况进行阐述分析。认为目前省市共建高校的矛盾主要表现为政府间合作治理的分歧,政府行政管理与高校自主办学的冲突、高校发展定位与地方政府目标错位,社会其他主体较少参与共建、高校内部治理等方面的问题,并对每一方面进行了深入分析。同时对法国、美国、英国等国的高等教育治理协调机制进行比较分析。认为省市共建高校在不断优化治理协调机制同时要把握好大学自治与政府控制之间的平衡。既要扩大大学的办学自主权,同时也要合理的加强政府的宏观调控,吸引更多社会主体参与,在分权与集权之间,在自治与控制之间建立多主体的合作治理协调机制。结合国内外的研究现状与实践,纵横两个方向重构了省市共建高校治理协调机制,主要包括:深化“放管服”改革转变各级政府职能、理顺合作治理关系,省市政府要明确高等教育行政管理权力边界,整合分散建设资源,提升政府投入的利用效率;建立完善现代大学制度、完善政府与高校协调机制;改良资源鼓励多元主体参与治理;改善资金投入使用的绩效评估;高校要将自己的定位、发展与地方的实际需求切实结合,体现地方大学的特色。