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本文应用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术分析了内蒙古地区6个肉牛群体利木赞（Lm）、夏洛来（CL）、安格斯（AG）、利木赞与蒙古牛的杂交牛（利蒙LM）、西门塔尔与蒙古牛的杂交牛（西蒙SM）和蒙古牛（M）的遗传结构、遗传变异及其与杂种优势的关系。在此基础上，对8个肉牛杂交组合的实际杂交效果与分子遗传距离进行了相关分析。结果表明：1）6个肉牛群体DNA具有丰富的多态性，并获得大量的多态性扩增带。所用80个随机引物中有17个引物的扩增带清晰且具有多态性，共产生191个位点，其中109个位点具有多态性，82个位点为公共位点，多态性带占总带数的57.07%，单个引物获得RAPD带数在2～12条之间，各片段大小在260bp～3500bp之间，所得多态性位点频率的变化范围为23.08%～80.00%。2）用Shannon指数计算6个群体遗传变异及其在群体内和群体间的分布，除蒙古牛群体外其它群体内遗传变异都较大，说明这些群体都有进行选育的潜力，总群体平均遗传多样性指数（Hsp）为0.4254，群体遗传分化指数（Gst）为0.3402。所研究的肉牛群体遗传变异主要在群体内，蒙古牛的遗传多样性较为贫乏。根据六个群体的RAPD扩增图计算群体遗传距离，结果表明父母本群体之间遗传距离为安格斯和利蒙的最大，其次为安格斯和蒙古牛，安格斯和西蒙，利木赞和西蒙，夏洛来和西蒙，夏洛来和利蒙，利木赞和蒙古牛，夏洛来和蒙古牛的最小。3）实际杂交组合杂种后代的生长性状测定和杂种优势率结果来看，三元杂交组合均大于二元杂交组合，杂种优势主要表现在初生重和6月龄重。杂种优势最大组合是安格斯和西蒙与安格斯和蒙古牛组合最大，其次是利木赞与西蒙和安格斯与利蒙组合。4）群体间遗传距离与肉牛生长性状及杂种优势率的相关分析表明：分子遗传距离与初生重和12月龄体重呈弱正相关关系，与6月龄体重呈中等正相关关系；遗传距离与初生重杂种优势率和6月龄体重杂种优势率呈弱正相关关系，与12月龄体重杂种优势率呈中等负相关关系。