在我国的公司治理经验中,国有股“一股独大”一直被认为是中小投资者利益得不到有效保障的根本原因。随着股权分置改革的完成,上市公司国有股的绝对控股地位将逐步消失,中国资本市场的运行规则也已悄然改变,如何在新环境下优化股权结构以保护中小投资者利益将面临着全新的挑战。然而,现有的文献很少用适合于同一国家内不同公司的复合性指标来考察我国中小投资者利益保护的现实水平,本文对此进行了归纳和创新研究,在综合考虑公司组织微观层面和宏观制度执行层面的基础上,建立一个适用于同一法律体系下、与我国现有资本市场相适应的中小投资者利益保护评价的指标体系,利用这一量化指标来重新探索我国上市公司的中小投资者保护与股权结构之间的关系。本文对沪深两市2005-2008年除金融业以外的上市公司股权结构与中小投资者利益保护之间的关系进行的实证研究表明,在我国中小投资者法律保护不完善的环境下,股权集中度、股权制衡度、流通股比例与中小投资者保护正相关,国有股和法人股比例与中小投资者保护负相关。从而得出结论,即在后股权分置时代,要区别看待“一股独大”和国有股“一股独大”两种现象,并指出现阶段应该致力于如何建立使公司相对控股股东的利益基础与公众投资者趋于一致的公司治理机制。