四个X-STR基因座四色荧光复合分型体系构建及群体遗传学调查

来源 :河北医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:w3cnet
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:人类X染色体STRs是指存在于X染色体上特异碱基短串联重复片段。近年来X染色体STRs因其高稳定性,高多态性,独特的遗传方式,在解决特殊案件中无法比拟的优点而逐渐受到重视,虽然早在1991年就有HPRTB,ARA和DXS981等X-STR基因座的报道,但当前已获得群体遗传学数据且可用于法医遗传学分析的X-STR基因座仅有30多个,X染色体STRs群体遗传学数据严重欠缺,数量不足,存在人群和种族差异,基因座间连锁关系又限制其使用,因此研究寻找更多能为法医学所使用的X-STR基因座,显得尤为重要。本课题旨在选取4个未报道群体遗传特征的X-STR基因座,即GATA151A05/GATA2B05/DXS7129/ HUMUT1595,并构建荧光标记复合扩增体系,对北方汉族人群进行群体遗传学调查,为开发国产X-STRs试剂盒、DNA数据库建立和群体遗传学研究提供基础资料。方法:1基因座的选择:选择未报道群体遗传学特征且位于X染色体上物理距离较近(<10Mb),位于同一连锁群内的4个X-STR基因座。2复合分型体系的构建:对GATA2B05、HUMUT1595、GATA151A05、DXS7129这4个已选择的X-STRs进行PCR复合扩增。在GATA2B05、HUMUT1595基因座的上游引物5’端标记6-FAM荧光,GATA151A05基因座的上游引物5’端标记HEX荧光,DXS7129基因座的上游引物5’端标记ROX荧光。优化各基因座引物浓度比例、Mg2+和Taq酶浓度、退火温度、循环次数等因素。应用ABI310及ABI3130型遗传分析仪对扩增产物进行检测,Genemapper 3.2软件分析结果并对样本进行检测分型。各基因座每一种等位基因片段随机选择一个男性样本进行测序,依据测序结果并根据国际法医遗传学会(international society of forensic genetics, ISFG)推荐的命名原则对各等位基因进行命名。3群体遗传学调查和法医学应用:应用已复合的扩增体系对北方汉族214例健康无关个体(男105例,女109例)进行群体遗传学调查。结果用Arlequin3.11软件进行分析,使用http://www.chrx-str.org网站在线计算相关法医遗传学参数。并对本室日常检案中的10例单亲鉴定案件(4例父女单亲鉴定案件,6例母子单亲鉴定案件)进行了调查,及本法医病理教研室尸检标本进行了组织同一性检验。结果:1荧光复合分型体系构建:成功建立了GATA151A05 /GATA2B05 /DXS7129 / HUMUT1595四个X-STR基因座荧光标记复合扩增体系。20μl反应体系中含引物GATA151A05、GATA2B05、DXS7129、HUMUT1595分别为6pmol、5pmol、4pmol、5pmol,Taq DNA聚合酶1U,MgCl2浓度1.5mM,采用热启动的方式进行扩增。该体系各基因座间峰型均匀、杂合子扩增均衡、无非特异性扩增、重复性好。2群体遗传学调查结果:应用该体系对北方汉族214例无关个体进行了群体遗传学调查。女性109例样本中,基因座DXS7129检出5个等位基因和8种基因型;GATA151A05检出5个等位基因和9种基因型;HUMUT1595检出8个等位基因和14种基因型;GATA2B05检出8个等位基因和18种基因型;男性105例样本中,基因座DXS7129检出5个等位基因;GATA151A05检出6个等位基因;HUMUT1595检出7个等位基因;GATA2B05检出8个等位基因。对各基因座进行哈温平衡检验,除GATA2B05基因座不符合哈温平衡外,其余三个基因座均符合哈温平衡。对符合哈温平衡的DXS7129,GATA151A05,HUMUT1595基因座进行了测序,男女等位基因频率差异性检测,基因座间连锁不平衡分析和遗传参数计算。这3个基因座各等位基因在男女之间无差别,合并计算等位基因频率(0.00309—0.7678),基因座连锁不平衡分析显示3个基因座之间相互独立。3个X-STR基因座DXS7129、HUMUT1595、GATA151A05在北方汉族人群中观察值杂合度(Ho)分别依次为:0.29358、0.60550、0.54128,多态信息量(PIC)分别依次为:0.36858、0.62258、0.58478,女性个体排除率(PDfemale)分别依次为:0.593145、0.761857、0.731926,男性个体排除率(PDmale)分别依次为:0.385692、0.602436、0.573134 ,三联体非父平均排除概率(MEC Kishida)分别依次为: 0.356211、0.522350、0.487274,二联体非父平均排除概率(MEC Desmarais Duo)分别依次为: 0.226958、0.380390、0.346576。3家系调查:在对本室日常检案中的10例单亲鉴定案件(4例父女单亲鉴定案件,6例母子单亲鉴定案件)的检测中未发现基因座突变,且这四个X-STR基因座是按照X染色体标记物特有的交叉遗传方式遗传。4组织同一性检测:该体系对同一个体的心脏、肝脏、肾脏、肌肉组织检测结果分型一致。结论:本研究建立了一组法医学遗传标记GATA151A05 /GATA2B05 /DXS7129 HUMUT1595四色荧光标记复合扩增体系,该体系分型准确、重复性好。对该体系的群体遗传学调查表明: HUMUT1595具有高度多态性,GATA151A05具有中度多态性,可用于法医学亲子鉴定和个人识别,充实了尚欠缺的X-STRs群体遗传学数据,可为开发国产X-STRs试剂盒、建立X-STRs数据库建立提供基础资料。
其他文献
DSP实验教学系统构建了基于TMS320VC5402的开发平台,该平台主要包括了实验系统的整体设计方案,完成了DSP实验平台的硬件电路设计与制作,主要包括单片机最小系统、HPI并行加载
本文围绕我国刑法上所规定的几种信用卡犯罪及其关联犯罪行为进行了系统的分析比较,并就信用卡交易流程各阶段犯罪态势以及防范对策进行了研究。全文共分三部分。第一部分从
为提高国家小麦改良中心泰安分中心开放使用效益,小麦分中心采取研究室按功能划分、实验器材按实验所需放置、强化小麦分中心规范管理、加强小麦分中心队伍建设、指导科研人
本文在国外理论研究的基础上,深化和拓展了汇率传递效应非对称性理论,分析了1995年1季度至2009年4季度期间人民币汇率变动对原油进口价格的动态影响以及人民币汇率变动对原油
迁徙自由作为一项基本的人权被世界上大多数国家承认并写入宪法,以促进它的保障和实施。我国在建国初期的1954年《宪法》中也有关于迁徙自由的规定,但是在后来的《户口登记条
目的:探究血液灌流联合血液滤过对急性有机磷杀虫剂中毒(AOPP)患者的疗效及对胆碱酯酶、多巴胺和炎性因子的影响。方法:选择2012年9月~2016年7月于我院接受治疗的82例AOPP患
<正>一、有效地做到因材施教,提高学生学习政治知识的主动性1.主动学习的重要性。众所周知,学生学习的主动性和积极性会直接影响到学生学习的效果和质量,如果学生学习非常主
过量饮酒对健康造成极大损害,并引发众多不良社会后果,每年造成约250万人死亡,更为可怕的是越来越多的年轻人受到影响。世界卫生组织发表的《酒精与健康全球状况报告》中指出
<正> 姚振宗(1840—1906)字海槎,浙江山阴(绍兴)人,是我国近代目录学史上的一位卓有成就的目录学家。他穷毕生精力编撰《快阁师石山房丛书》,成为明清以来补注正史艺文志工作的后起之秀。清代乾隆、嘉庆年间,由于统治者对文化思想的高压政策,学者都不敢再谈“经世致用”之学,而走上了考据学的道路,潜心古典文献整理,留下了重要的成绩。姚振宗在青年
先验信息失配(如速度误差、偏航角等)和孔径损失使得基于配准补偿方法的杂波距离相关性补偿性能下降。此外,基于配准补偿方法运算量大,在大天线阵情况下实现困难。针对上述问题,本