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甘蓝型油菜（Brassica. napus L，2n=38，AACC）是由白菜（B.rapa，2n=20，AA）与甘蓝（B.oleracea，2n=18，CC）两个基本种经过自然杂交后得到的异源四倍体作物，是温带地区最重要的油料作物。叶绿体是早期生命演变进化的能量源头，在长期的演变进化过程中扮演着非常重要的角色。叶绿体基因组具有非重组性、高度保守性和单亲遗传的特点，因此多被用来分析油菜的遗传多样性、亲缘关系及演变进化历程。目前，通常使用的分析方法有RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism）、PCR-RFLP（Polymerase Chain Reaction-RFLP）、SSCP（Single Strand Conformation Polymorphism）及cpSSR（Chloroplast SimpleSequence Repeats）。但上述方法存在通量低、分辨率低、灵敏度不高及很难精确到SNP等缺点，而EcoTILLING技术恰好弥补了以上不足。本研究利用 EcoTILLING技术对核心甘蓝型油菜进行单倍型分析，以期寻找优良的种质资源和遗传亲本，同时为油菜遗传育种提供数据指导。基于泛基因组学原理，辅助建立油菜叶绿体 DNA遗传多样性的研究方法，主要工作是优化叶绿体 DNA提取方法和高通量测序结果验证。上述方法有利于我们在群体水平上研究叶绿体DNA遗传多样性。本研究的内容及结果如下： 1、通过对提取条件进行不断优化，建立了便捷高效的叶绿体DNA提取方法。主要对以下操作进行了优化：匀浆后重复进行200g2min离心，该操作可分离细胞核DNA颗粒和细胞壁碎片；无需percoll离心纯化操作，因为细胞核DNA多结合在叶绿体外膜上且破碎的叶绿体也存在叶绿体DNA。该方法既简化了操作过程及降低实验成本，又提高了纯度和产量，为规模化提取叶绿体DNA奠定了良好基础。 2、利用优化后的EcoTILLING技术对高通量测序数据的可靠性进行验证。我们为此我们随机挑取一些位点进行验证。通过对所选位点的实验，发现EcoTILLING结果和高通量测序结果基本吻合。这表明高通量测序结果是可靠的，方法是可行的。该方法在研究全球甘蓝型油菜叶绿体基因组上的成功应用，为今后群体水平上研究叶绿体DNA遗传多样性提供一种可靠、简便的方法。 3、利用EcoTILLING技术对256份甘蓝型油菜种质资源的rps16基因（编码核糖体蛋白16S亚基）进行多态性分析。结果发现，在256份甘蓝型油菜中，rps16基因有5个多态性位点，且5个SNP位点都位于非编码序列上。这些结果表明rps16基因在不同材料中具有丰富的遗传变异，可为其它基因遗传多样性研究提供借鉴，有助于我们对油菜种质资源进行评估和多样性分类。 4、利用EcoTILLING技术对甘蓝型油菜资源的叶绿体基因组15576bp-25958bp区域进行多态性分析。该区域包含有rpoB、rpoC1、rpoC2基因，它们负责叶绿体基因的表达调控，分别编码RNA聚合酶β、RNA聚合酶β′和RNA聚合酶β′′。结果发现，256份甘蓝型油菜15576bp-25958bp区域有14个多态性位点，其中12个多态性位点在编码序列上，2个在非编码序列上。在该区段上总共检测到5种单倍型，其中一种单倍型占91.8%，其它4种单倍型分别为4.3%、0.7%、2.0%和1.1%。在19983bp、21136bp和25317bp位置上碱基替换导致氨基酸发生改变，分别是半胱氨酸转变为苯丙氨酸、异亮氨酸转变为缬氨酸和赖氨酸转变为谷氨酸。