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本文通过设计13对引物进行PCR扩增并测序,首次获得并分析斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)和赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)线粒体基因组全序列,探讨石斑鱼类线粒体DNA (Mitochondrial DNA, mtDNA)分子进化的特点,并结合鲈形目其它种类的mtDNA进行了线粒体全基因组水平的系统发育分析。主要结果如下:1.斜带石斑鱼和赤点石斑鱼mtDNA全序列长度分别为16418bp和16795bp,都包括13个蛋白质编码基因,2个rRNA基因,22个tRNA基因,和1个控制区。在碱基组成上都呈现显著的反G偏倚且主要表现在由H链编码的12个蛋白质基因中。2种石斑鱼的各同源蛋白质编码基因的起始密码子均相同,除了COI和ATP6分别以GTG和CTG为起始密码子外,其余11个基因的起始密码子都为标准起始密码子ATG;但终止密码子的使用却不尽相同,包括TAA,TAG和T。22个tRNA中,除了tRNA-Ser(GCT),其余21个tRNA都能形成三叶草结构;各个臂、反密码子环和TΨC环较保守,主要的长度变异集中在DHU环。识别了2种石斑鱼控制区中的终止结合序列,中央保守区和保守序列区。控制区是AT富集区,也是整个mtDNA中变异最大的区域。2种石斑鱼控制区长度差异较大,主要是由终止结合序列区内串联重复单位的长度和重复次数的差异造成。2.比较分析目前石斑鱼类已知的3个种类(斜带石斑鱼、赤点石斑鱼和豹纹鳃棘鲈Plectropomus leopardus)的线粒体基因组,结果表明几类基因和区域的进化速率是:rRNA,tRNA <蛋白质编码基因< L-链复制起始区<控制区。13个蛋白质编码基因按变异大小可以分为4类: COI、COII、COIII < Cyt b、ND1、ND4、ND4L < ATP6、ND2、ND3、ND5 < ATP8、ND6。22个tRNA中进化得最慢的是tRNA-Gln、tRNA-Ser (TGA)和tRNA-Asn,进化得最快的是tRNA-Ser (GCT)和tRNA-Val。通过线粒体全序列估算斜带石斑鱼和赤点石斑鱼分歧时间约为15.4百万年,而豹纹鳃棘鲈与斜带石斑鱼和赤点石斑鱼的分歧时间分别为27.2和27.3百万年。3.结合目前已知的鲈形目鱼类线粒体基因组序列数据,以日本远东拟沙丁鱼(Sardinops melanostictus)为外群,构建了46种鲈形目鱼类线粒体蛋白质编码基因MP系统树。结果表明,(1)隆头鱼亚目Labroidei,鰕虎鱼亚目Gobioidei,鳚亚目Blennioidei和喉盘鱼亚目Gobiesocoidei在所研究的鲈形目鱼类中较原始;而绵鳚亚目Zoarcoidei,龙鰧亚目Trachinoidei,鲈亚目Percoidei,羊鲂亚目Caproidei和鲭亚目Scombroidei较晚分化。(2)鲭科的6个种类,鲹科的3个种类,丽鱼科的4个种类和鰕虎鱼亚目3个科的4个种类都各自聚为单系群。(3)石斑鱼类处于鲈形目中较晚分化的分支中,它们所在的鮨科与尖吻鲈科和鲷科有较近的亲缘关系,其次是笛鲷科和谐鱼科,再次是鲈科和太阳鱼科。