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林麝（Moschus berezovskii）属偶蹄目、麝科、麝属，是亚洲特有的野生动物。千百年来，由于林麝所产麝香一直是医药、食品和化妆品等行业广泛应用的重要原料之一，人类之“杀麝取香”和对其栖息地的严重破坏，已致使该物种野生种群数量和分布急剧缩减。在持续受到人类猎杀和生境片段化双重胁迫的情况下，有关部门将其列为我国Ⅰ级濒危野生动物加以重点保护。为减轻林麝野外生存的压力，我国有关部门早在上世纪50年代就开展了该动物的人工圈养繁育工作。但是，人工种群麝香产量随世代的增加而逐渐下降这一问题却一直未予解决。该问题的出现是否是人工条件下近亲繁殖导致种群遗传多样性下降所造成的，已是学术界谈论许久的议题。然而，相关的研究却迄今未见报道。本文以四川省养麝研究所白沙养麝场21只林麝样品和金凤山养麝场14只林麝样品为材料，首次应用扩增片段长度多态性（AFLP）分子标记技术，对两个种群的遗传多样性进行了比较分析。与此同时，对所获样品中的高泌麝香组和低泌香组进行了对比分析，获得了如下的初步研究结果：（1）在种群遗传多样性检测的29对选择性引物组合中，2个种群的平均多态位点比率（PPL）为98.96％，平均有效等位基因数（Ne）为1.6008，平均Shannon信息指数（I）为0.5277，平均Nei’s遗传多样性指数（H）为0.3531。由此表明四川省养麝研究所圈养的2个林麝种群均具有较高水平的遗传多样性。但从PPL的分析结果可知，金凤山种群（99.14％）比白沙种群（98.78％）稍高，金凤山种群的Nei’s基因多样性指数（H）比白沙种群高出11.0％，表明金凤山种群具有相对较高的遗传多样性。（2）林麝个体间的Nei’S遗传距离（GD）在0.0110～0.1004之间（平均为0.0458±0.0165），显示个体间遗传差异分布较均匀。两个圈养种群的Nei基因分化系数(Gst)为0.0273，表明仅有2.73％的变异分布于种群间。此外，Nei无偏遗传距离（DS）为0.0108，基因流（Nm）为22.9762，提示两个圈养种群之间的遗传变异水平较低，具有较高的基因共享和交流。（3）泌香量的标记分析共检测分析了41对引物组合。T-Test检验表明，三组样品的多态位点比率（PPL）具有非常显著的差异，由高至低的排序为：高产组＞雄性参照组＞低产组（P＜0.01），表明了林麝的泌香量与遗传多样性的高低存在着正相关关系。进一步地，根据各引物组合在高产组和低产组样品中扩增条带频率差异的T-test检验结果，本文筛选出了10个具有显著性差异（P＜0.01）的引物组合（M-CAC／E-ACA、M-CAG／E-AAC、M-CAG／E-ACA、M-CAG／E-ACC、M-CAG／E-ACG、M-CAT／E-ACC、M-CTA／E-AAG、M-CTA／E-ACC、M-CTC／E-ACC、M-CTG／E-ACC）。根据各多态位点条带分布的同质性检验结果，分别筛选出了34个（高产组和低产组间）和17个（雄麝组与雌性参照组间）有显著差异分布的标记位点（P＜0.05）。这些引物组合和标记位点，可能与林麝的泌香量关联，从而为后续寻找与林麝泌香量有关的连锁基因，奠定了基础。