目的通过小鼠动物模型，观察幽门螺杆菌（Helicobacter pylori，H. pylori)感染和用抗生素根除治疗后食道下端菌群的变化，探讨其与食道下端疾病发生的关系。方法将45只BALB|C小鼠随机分为阴性对照组，感染组和治疗组。感染组和治疗组通过灌喂幽门螺杆菌菌液建立动物感染模型，治疗组再将奥美拉唑，氨苄青霉素，克拉霉素灌喂根除幽门螺杆菌。三组小鼠均在用抗生素处理后同时处死，取食道下端组织提取细菌的DNA，以原核生物16srDNAV6区通用引物采用聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳技术PCR-DGGE V6区进行扩增，用QuantityOne1-DAnalysis software对DGGE图谱进行菌群分析，并将DGGE图谱上的组间差异条带用16srDNA V6-V8区引物分别扩增后，DNA测序，BLAST比对分析。结果感染组幽门螺杆菌的感染率为100%，治疗组幽门螺杆菌的根除率为93%；各实验组DGGE指纹图谱分析显示各组间条带数量均有明显的差异(P＜0.05)。三组之间多样性指数、丰富度指数有显著性差异（0.05＞P＞0.01）,均匀度指数无显著差异（P＞0.05）。菌群聚类分析能很好地在相似性进化树中分开，主成分分析不同组的菌群分别聚集在不同的位置，BLAST比对分析对照组、感染组出现特有细菌。结论：食道下端定植着以乳杆菌、拟杆菌为优势菌的稳定菌群，幽门螺杆菌感染后菌群结构变化为以葡萄球菌、不动杆菌、无芽孢杆菌为优势菌的菌群。