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六神曲是由赤小豆、苦杏仁、面粉和麦麸混合，拌以辣蓼、青蒿、苍耳草水煎液，自然发酵而成的具有消食作用的中药。虽然六神曲生产历史悠久，但发酵过程的变化并不明确，作用机理尚不清楚。本试验研究了六神曲制备过程中微生物、酶和化学成分的变化，并研究了六神曲对常见细菌生长的影响，初步探索了六神曲消食机理。
1.六神曲自然发酵过程微生物的消长及优势菌分离。六神曲在发酵过程中产生黄白色菌丝，细菌总数由3.6×103cfu/g增加到4.3×108cfu/g，真菌总数由2.6×102个/g增加到6.3×106个/g，放线菌总数由9.3×102cfu/g增加到6.0×108cfu/g。对六神曲中产酶菌株进行筛选，共选出5种优势菌：P6、P12、N1、N2、N3。
2.六神曲自然发酵和纯种发酵过程中酶的消长。六神曲在自然发酵过程中脂肪酶活、蛋白酶活和淀粉酶活都呈现先升高后降低的趋势，三种酶活分别在2.29-3.69U/g、206-464U/g和32-137U/g。将5种优势菌纯种发酵表明：蛋白酶活和淀粉酶活逐渐增加。其中以P12酶活最高分别达到102.5U/g和74.4U/g。仅含N1和M1的六神曲具有脂肪酶活，最高达到7.5U/g。
3.六神曲理化指标研究。六神曲发酵过程中pH值保持在5.05-6.50，蛋白质由29.36g/100g降低到12.12g/100g，氨基态氮由3.83g/100g升高到7.18g/100g，淀粉由63.13g/100g降低到29.83g/100g，单糖和低聚糖的总量在发酵前后分别为0.87g/100g和1.62g/100g，都存在显著差异(P＜0.05)。六神曲发酵前后游离的17种氨基酸总量分别为23.23mg/g和44.59mg/g。其中，7种必需氨基酸总量分别为6.91mg/g和14.42mg/g，10种非必需氨基酸总量分别为13.93mg/g和22.00mg/g，三种支链氨基酸总量分别达到3.2mg/g和7.48mg/g。化学成分检测表明，六神曲中含有糖类、蛋白类、有机酸、酚类、皂苷、黄酮、蒽醌。六神曲原材料含糖类、蛋白类、黄酮、蒽醌、生物碱、强心苷、油脂类。六神曲中维生素B1的含量为21.1μg/100g。
4.六神曲水煎液在12.5-100mg/mL范围内抑制金黄色葡萄球菌、嗜热链球菌、肠链球菌三种球菌的增殖；对大肠杆菌作用效果不明显；促进沙门氏菌、枯草芽孢杆菌、植物乳杆菌、干酪乳杆菌和瑞士乳杆菌5种杆菌的增殖。
5.自制六神曲和市售六神曲对比。自制六神曲中含黄曲霉毒素B1为2.07μg/kg，含量较低，不会造成危害。对自制六神曲和市售六神曲水提液和醇提液全波长扫描显示，最大吸收波长分别为291士1nm和245nm。高效液相图谱分析显示，两种六神曲水提液在0-30min内有13个共有峰，醇提液有15个共有峰。化学成分分析表明，自制六神曲和市售六神曲含有氨基酸、糖、酚类、有机酸、皂苷、黄酮类和蒽醌，均不含鞣质、甾体、三萜类、生物碱、强心苷、挥发油和油脂类。自制六神曲和市售六神曲差异不显著。
六神曲制备过程中微生物增加，可以产生较高的内源蛋白酶和淀粉酶。六神曲在内源酶和外源酶的作用下促进了理化成分的改变，使得蛋白质、淀粉含量降低，氨基态氮、单糖、低聚糖、游离氨基酸总量增加。六神曲中含维生素B1、有机酸、皂苷、蒽醌和黄酮都可能对六神曲消食有促进作用。六神曲对致病菌的抑制作用及对益生菌的促进作用可以起到调整肠道菌群平衡的作用。此外，六神曲发酵过程的分析还可以为控制六神曲质量提供参考。