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中国是喀斯特面积最大、分布最广的国家。喀斯特地区土质具有其特殊性：土被破碎不连续，土层浅薄；土壤通透性能良，地表干旱；土壤富含钙(Ca)，镁(Mg)离子等。本研究首次应用分子生物学技术，直接从贵州喀斯特土洞和森林土壤总DNA中扩增得到细菌16S rRNA基因并构建基因文库，通过RFLP(restrictionfragment length polymorphism)分析、16S rRNA 基因序列分析和构建系统进化树，对两种生境中的细菌组成进行了分析，形成了以下主要结果：
1．从贵州喀斯特土洞(当地俗称“牛洞”)的细菌16S rRNA基因文库中随机挑取了190个克隆，利用HhaI和MspI限制性内切酶对克隆的16S rRNA基因片段进行RFLP分析，共得到144种RFLP带型。在测序得到的这144个克隆的16S rRNA 基因序列中，2条为嵌合序列。经过系统学分析，142条非嵌合序列分属于以下9大细菌类群：Proteobacteria(占总克隆数42.11％)， Acidobacteria(18.42％)，Planctomycetes(8.95％)，Chloroflexi(Green nonsulfur bacteria，7.37％)，Bacteroidetes(2.11％)，Gemmatimonadetes (2.63％)，Nitrospirae(7.89％)，Actinobacteria(High G+C Gram-positive bacteria，6.32％)和 candidate divisions(含 OP3，GN08和SBR1093， 3.16％)。本研究首次报道喀斯特洞穴内存在细菌类群 Gemmatimonadetes， Nitrosomonadales，Oceanospirillales和Rubrobacterales。
2．从贵州独山喀斯特森林的细菌16S rRNA基因文库中随机挑取了190个克隆，利用HhaI和Mspl限制性内切酶对克隆的16S rRNA基因片段进行RFLP分析，共得到126种RFLP带型，并测序得到126条非嵌合序列。经过系统学分析，这些序列分别属于以下10大细菌类群：Proteobacteria(36.32％)， Acidobacteria(23.68％)，Planctomycetes(11.58％)，Chloroflexi(Green nonsulfur bacteria，2.63％)，Bacteroidetes(3.68％)，Verrucomicrobia (3.16％)，Nitrospirae(3.68％)，Actinobacteria(High G+C Gram-positive bacteria，10.53％)，Firmicutes(Low G+C Gram-positive bacteria，1.05％)和 candidate divisions(含OP3和SP/N，3.68％)。