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水稻(Oryza sativa L.)是我国最广泛种植的粮食作物,也是一种十分重要的模式植物。亚洲栽培稻种主要有两个亚种：粳稻(Oryza sativa L. ssp. japonica)与籼稻(Oryza sativa L. ssp. indica)。利用比较基因组的方法对不同品种的水稻进行比较分析是开发水稻潜能的一种新方法,而物理图谱是进行比较基因组学研究的一种重要工具。本研究通过对水稻物理图谱的补缺、不同品种之间SNP的鉴定以及水稻品种中花11基因组中重复序列的验证等方面的研究,以期能够对水稻基因组有更深入的了解。本实验室构建了水稻品种珍汕97和明恢63的物理图谱,并将这些物理图谱与以这两个水稻品系作为制图亲本制作的遗传图谱进行了整合。从整合的图谱上发现第三染色体长臂末端的一个区段在珍汕97和明恢63中存在结构差异,而且与大量已发表的QTL对应。该区段在物理图谱上存在数个缺口,本人分析了这些缺口的大小,对珍汕97其中较小的一个缺口设计一对引物,用PCR的方法补齐。同时利用这两个品种的物理图谱与日本晴物理图谱的比对,设计了9个杂交探针,对这两个品种的BAC文库进行筛选,明恢63筛选得到24个阳性克隆,填补了一个缺口；珍汕97得到31个阳性克隆,填补了2个缺口。对这些克隆的Fingerprint分析证明了他们的连续性。同时我们利用生物信息学分析发现该QTL区段珍汕97和明恢63的BAC末端序列(BES)与日本晴参考序列之间存在SNP位点,因此分别采用了创造酶切位点PCR-RFLP法、RFLP检测法和直接测序法检测这些SNP位点,结果显示,珍汕97在该区段的SNP位点来自于原BAC末端测序错误,而明恢63检测并确定了23个SNP/InDel位点,其中5个位点比对到日本晴多个序列位置,另外18个位点比对到日本晴的单一序列位置,占总数的78.26%,这18个SNP/InDel均处于基因编码区,可能对基因功能有一定的影响。本实验室对水稻品种中花11的BAC末端序列进行分析,发现了大量的SNP位点以及中花11序列中特异的重复序列。本人对SNP位点进行了验证,发现这些SNP位点的准确率超过了99.2%,而且其中有约44.2%的SNP位点位于水稻的编码序列中,有可能对基因功能有一定的影响；同时用部分代表序列设计的探针对不同品种的水稻基因组酶切产物进行杂交,结果显示这些的序列确为重复序列,且与计算机分析结果趋势相同。